在biopython中获取ID和蛋白质序列

Question

我有这个代码。

from Bio import SeqIO

for seq_record in SeqIO.parse("aminoacids.txt", "fasta"):

print(seq_record.id)

print(repr(seq_record.seq))

输出：

NP_414584.1

Seq('MNTFSQVWVFSDTPSRLPELMNGAQALANQINTFVLNDADGAQAIQLGANHVWK...LAR')

NP_414563.1

Seq('MASVSISCPSCSATDGVVRNGKSTAGHQRYLCSHCRKTWQLQFTYTASQPGTHQ...RSR')

NP_414564.1

Seq('MANIKSAKKRAIQSEKARKHNASRRSMMRTFIKKVYAAIEAGDKAAAQKAFNEM...KLA')

NP_414565.1

Seq('MCRHSLRSDGAGFYQLAGCEYSFSAIKIAAGGQFLPVICAMAMKSHFFLISVLN...SLF')

NP_414566.1

Seq('MKLIRGIHNLSQAPQEGCVLTIGNFDGVHRGHRALLQGLQEEGRKRNLPVMVML...KPA')

问题：我应该在刚刚和一个字符串中获得ID和完整序列，而无需“ seq”。 这样的事情：

NP_414584.1
MNTFSQVWVFSDTPSRLPELMNGAQALANQINTFVLNDADGAQAIQLGANHVWKLNGKPDDRMIEDYAGVMADTIRQHGADGLVLLPNTRRGKLLAAKLGYRLKAAVSNDASTVSVQDGKATVKHMVYGGLAIGEERIATPYAVLTISSGTFDAAQPDASRTGETHTVEWQAPAVAITRTATQARQSNSVDLDKARLVVSVGRGIGSKENIALAEQLCKAIGAELACSRPVAENEKWMEHERYVGISNLMLKPELYLAVGISGQIQHMVGANASQTIFAI NKDKNAPIFQYADYGIVGDAVKILPALTAALAR

如何获得此输出？

Answer 1

repr不是为执行最终输出而设计的。本质上是调试工具。您拥有的是seq对象。您可能需要做：

print(seq_record.seq)

使用str方法。