FastShap摘要图 - 错误：CAN CAN COMBINE＆lt; double＆gt; and＆lt; factor＆lt; 919a3＆gt;＆gt;

Question

我正在尝试使用 fastshap 解释函数获取摘要图，如下面的代码所示。

p_function_G<- function(object, newdata)
  caret::predict.train(object,
                       newdata = 
                       newdata,
                       type = "prob")[,"AntiSocial"] # select G class




# Calculate the Shapley values
#
# boostFit: is a caret model using catboost algorithm
# trainset: is the dataset used for bulding the caret model.
#   The dataset contains 4 categories W,G,R,GM
#    corresponding to 4 diferent animal  behaviors
library(caret)

shap_values_G <- fastshap::explain(xgb_fit,
                  X = game_train,                   
                  pred_wrapper = 
                  p_function_G,
                  nsim = 50,
                  newdata= game_train[which(game_test=="AntiSocial"),])
) 

但是我收到错误

Error in 'stop_vctrs()': 无法结合纬度和性别<因素<919a3>>

出路何在？

Answer 1

我发现您正在改编 Julia Silge 的预测棋盘游戏评级教程中的代码。原始代码使用 SHAPforxgboost 生成 SHAP 值，但您使用的是 fastshap 包。

由于 Shapley 解释最近才开始受到关注，因此标准数据格式并不多。 fastshap 不喜欢 tidyverse tibble，它只需要矩阵或类矩阵。

发生错误的原因是，默认情况下，fastshap 尝试将 tibble 转换为矩阵。但这失败了，因为矩阵只能有一种类型（fx 要么是 double 要么是 factor，不能两者兼而有之）。

我也遇到了类似的问题，发现您可以通过将 X 参数作为 data.frame。我无权访问您的完整代码，但您可以尝试将 shap_values_G 代码块替换为：

shap_values_G <- fastshap::explain(xgb_fit,
                  X = game_train,                   
                  pred_wrapper = 
                  p_function_G,
                  nsim = 50,
                  newdata= as.data.frame(game_train[which(game_test=="AntiSocial"),]))
) 

将 newdata 替换为 as.data.frame< /代码>。这会将 tibble 转换为数据帧，因此不应扰乱 fastshap。