在 R 中的树状图的彩色条上排序颜色

Question

R 包 dendextend 的小插图 (https://cran. r-project.org/web/packages/dendextend/vignettes/dendextend.html) 给出了使用包中的 color_bars 函数和 cutreeDynamic 的示例DynamicTreeCut 如下：

# let's get the clusters
library(dynamicTreeCut)
data(iris)
x  <- iris[,-5] %>% as.matrix
hc <- x %>% dist %>% hclust
dend <- hc %>% as.dendrogram 

# Find special clusters:
clusters <- cutreeDynamic(hc, distM = as.matrix(dist(x)), method = "tree")
# we need to sort them to the order of the dendrogram:
clusters <- clusters[order.dendrogram(dend)]
clusters_numbers <- unique(clusters) - (0 %in% clusters)
n_clusters <- length(clusters_numbers)

library(colorspace)
cols <- rainbow_hcl(n_clusters)
true_species_cols <- rainbow_hcl(3)[as.numeric(iris[,][order.dendrogram(dend),5])]
dend2 <- dend %>% 
         branches_attr_by_clusters(clusters, values = cols) %>% 
         color_labels(col =   true_species_cols)
plot(dend2)
clusters <- factor(clusters)
levels(clusters)[-1]  <- cols[-5][c(1,4,2,3)] 
   # Get the clusters to have proper colors.
   # fix the order of the colors to match the branches.

colored_bars(clusters, dend, sort_by_labels_order = FALSE)

下面的行重新排序颜色以匹配分支：

levels(clusters)[-1]  <- cols[-5][c(1,4,2,3)] 

我希望将此方法应用于我自己的具有更多簇的数据，但我不清楚如何确定修改后的颜色顺序。此示例对虹膜数据使用自定义排序。谁能解释一下这个顺序是如何确定的，有没有办法自动执行？

Answer 1

对于初学者来说，上面的 data(iris) 示例代码缺少两个必要的包 library(dplyr) ，以便能够使用管道命令 % >% 和 library(dendextend) 用于标签颜色，来自 color_lables()

为了回答您的问题，解决方案可以在levels(clusters)[-1] <- cols[-5][c(1,4,3,2)]代码部分。正如您所提到的，这是针对该特定数据集的定制，但我不知道作者为什么选择这个特定顺序。如果您不设置顺序，并希望 R 自动执行此操作，则必须在 colored_bars() 命令中设置 sort_by_labels_order=TRUE。此处，它设置为 FALSE，因为作者使用自定义顺序。

如果它设置为 TRUE，那么我直接从 R 引用“颜色向量/矩阵应按原始数据顺序的顺序提供（并且它将自动重新排序为树状图的顺序）”。有关详细信息，请参阅 ?colored_bars()

这将显示设置为 FALSE 或 TRUE 时两个参数之间的差异。

# let's get the clusters
library(dynamicTreeCut)
library(dplyr)
data(iris)
x  <- iris[,-5] %>% as.matrix
hc <- x %>% dist %>% hclust
dend <- hc %>% as.dendrogram 

# Find special clusters:
clusters <- cutreeDynamic(hc, distM = as.matrix(dist(x)), method = "tree")
# we need to sort them to the order of the dendrogram:
clusters <- clusters[order.dendrogram(dend)]
clusters_numbers <- unique(clusters) - (0 %in% clusters)
n_clusters <- length(clusters_numbers)

library(colorspace)
library(dendextend)
cols <- rainbow_hcl(n_clusters)
true_species_cols <- rainbow_hcl(3)[as.numeric(iris[,][order.dendrogram(dend),5])]
dend2 <- dend %>% 
  branches_attr_by_clusters(clusters, values = cols) %>% 
  color_labels(col =   true_species_cols)
clusters <- factor(clusters)
levels(clusters)[-1]  <- cols[-5][c(1,4,2,3)] 
plot(dend2);colored_bars(clusters, dend, sort_by_labels_order = FALSE)

# here R automatically assigned the colors
plot(dend2);colored_bars(clusters, dend, sort_by_labels_order = TRUE)