Ggplot 没有为火山图标记所有有趣的肽

Question

我有一个包含 2479 个肽及其序列、p 值和对数倍变化的数据框。

# A tibble: 6 x 3
  Sequence             p log2fold
  <chr>            <dbl>    <dbl>
1 FLENEDR          0.343    1.21 
2 DTEEEDFHVDQATTVK 0.270    0.771
3 DTEEEDFHVDQATTVK 0.112    1.18 
4 SCRASQSVSSSF     0.798    0.139
5 RLSCTTSGF        0.739    0.110
6 SCRASQSVSSSY     0.209    0.375

我正在尝试制作火山图，同时标记上调和下调的肽。然而，由于某种原因，ggplot 只使用 6 个标签。我不知道为什么。

我尝试了很多不同的事情。我尝试在表达列中使用上调和下调，我尝试增加和减少我的截止值来检查这是否是一个问题。我使用 ggrepel 尝试将它们更加居中。似乎什么都不起作用。我对代码的最新尝试就在这段代码中。

基本上作为最后的手段，我创建了一个新组，只带走显着变化和折叠变化的肽，最终得到 39 个肽。然后我用它作为标题并匹配两个数据帧之间的肽。

出现的另一个问题是在我的图例中，自从使用 geom_text_repel 后出现了一个字符。我不知道这是如何或为何发生的。

library(ggplot2)
library(ggrepel)
library(tidyverse)

Volc <- R_volcano

expression <- ifelse(Volc$p < 0.05 & abs (Volc$log2fold) >=1, ifelse(Volc$log2fold>1, 'up', 'down'), 'stable')
Volc <- cbind(Volc, expression)

colnames(Volc)[1] <- 'Sequencenames'
Volc["group"] <- "NotSignificant"
Volc[which(Volc['p'] < 0.05 & abs(Volc['log2fold']) < 1 ),"group"] <- "Significant"
Volc[which(Volc['p'] > 0.05 & abs(Volc['log2fold']) > 1 ),"group"] <- "FoldChange"
Volc[which(Volc['p'] < 0.05 & abs(Volc['log2fold']) > 1 ),"group"] <- "Significant&FoldChange"
VolcFilter <- Volc %>% filter(group=="Significant&FoldChange")

p <- ggplot(data = Volc, aes(x = log2fold, y = -log10(p), colour=expression, label='Sequencenames')) +
  geom_point(alpha=0.4, size=2) +
  scale_color_manual(values=c("blue", "grey","red"))+
  xlim(c(-4.5, 4.5)) +
  geom_vline(xintercept=c(-1,1),lty=4,col="black",lwd=0.8) +
  geom_hline(yintercept = 1.301,lty=4,col="black",lwd=0.8) +
  geom_text_repel(data=head(VolcFilter), aes(label=Sequencenames))+
  labs(x="log2(fold change)",
       y="-log10 (p-value)",
       title="Differential expression")  +
  theme_bw()+
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5), 
        legend.position="right", 
        legend.title = element_blank())
  
p

非常感谢任何帮助。对 R 来说相当陌生。