将 .h5/.hic 文件转换为 .csv/.json

发布于 2025-01-16 22:18:12 字数 333 浏览 1 评论 0原文

我想将 .h5/.hic 文件转换为 .csv/.json 格式。我找到了这个 https://pypi.org/project/h5json/ 及其 GitHub 页面 https://github.com/HDFGroup/hdf5-json 从 h5 转换为 json。我安装成功了，但之后就无法继续了。我也研究了其他选择，但似乎没有任何效果。

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怀中猫帐中妖 2025-01-23 22:18:12

一个可能的解决方案是pandas，请参阅官方指南。

这是一个例子：

import pandas as pd

df = pd.DataFrame({"x": list(range(5)), "y": list(range(5))})
df.to_hdf("tab.h5", "table")
pd.read_hdf("tab.h5", "table").to_json("tab.json")

在我的环境中，我使用了 https://pypi.org/project/tables/ 正确安装PyTables

A possible solution is pandas, see the official guide.

Here an example:

import pandas as pd

df = pd.DataFrame({"x": list(range(5)), "y": list(range(5))})
df.to_hdf("tab.h5", "table")
pd.read_hdf("tab.h5", "table").to_json("tab.json")

In my environment, I used https://pypi.org/project/tables/ to correctly install PyTables

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