计算序列中的碱基 - Nonetype

Question

我正在尝试创建一个函数，用户可以输入文件名（包含 DNA 序列），并对所选文件中存在的相应碱基数量进行计数并按顺序输出到屏幕上：#A，# G、#C、#T。然后，我想将该输出保存为用户输入名称下扩展名为 .count 的新文件。在 bash 中，我尝试将这些文件（总共 100 个）连接到一个 .csv 文档中，格式如下：

File	#A,#G,#C,#T
file.count 1	23,43,32, 41
file.count 2	等等...

To open the file, I have:

def openseq(filename):
  filename=input("enter file to open: ")
  openfile=open(filename,"r")
  dnatext=print(openfile.read())
  return dnatext

然后最初我尝试在（在 dnatext 下）内执行以下 for 循环：

for i in dnatext:
    comma = ","
    numberofbases=str(dnatext.count('A')) + comma + str(dnatext.count('G'))   + comma + str(dnatext.count('C')) + comma + str(dnatext.count('T'))
  return numberofbases

然后将文件保存在用户输入的新名称下：

directory="<desired directory>" #removed directory for privacy
  newname= input("Enter output file name: ")
  filepath = directory + newname + ".count"
  filepath.close()

但无论我如何移动周围的事物我收到错误消息 TypeError: 'NoneType' object is not iterable 或某些变量未定义。我已经尝试了几种方法来尝试解决这个问题，但我只是没有任何运气，并且由于我对编码相对较新（特别是Python和bash的组合），我非常感谢一些帮助，甚至解释为什么我无法计算输入序列中的碱基数量。

理想情况下，我试图将所有这些都放入 1 或 2 个函数中，这样我就可以在 bash 中轻松调用它们，但我不确定这是否可能。

Answer 1

如果没有 MWE 很难说，但一般来说，“NoneType 不可迭代”意味着（也许并不奇怪）您正在尝试迭代值 None。

在您发布的代码中，只有一个地方可以进行迭代：

for i in dnatext:

这里 dnatext 预计是可迭代的，而您的错误表明它实际上是 None。

原因可能是该函数中的错误：

def openseq(filename):
    filename=input("enter file to open: ")
    openfile=open(filename,"r")
    dnatext=print(openfile.read())  # <-- this line
    return dnatext

print 函数不返回任何内容（或返回 None，具体取决于您如何看待它）。所以这个函数总是返回None。

相反，您可能（但同样，很难说）想要：

def openseq(filename):
    filename = input("enter file to open: ")
    with open(filename,"r") as openfile:
        dnatext = openfile.read()
    print(dnatext)
    return dnatext

它

• 使用上下文管理器来为您关闭文件句柄，并
• 打印并返回数据已读取（而不仅仅是打印）