根据其他 3 列对某一列中的值求和时，值不正确

Question

我正在处理 phyloseq 对象的输出文件。我计算了 rel.abundance 并提取了我感兴趣的列，如下所示： 这就是我计算 rel_abund

dat <- read_excel("selected_data.xlsx")%>% group_by(OTU)%>% mutate(rel_abund = Abundance/sum(Abundance))
dat

OTU 丰度 SampleID 基因型 rel_abund 的 方法 ASV2 4988 P35 基因型1 0.2801617614 ASV4 3894 1P-GH-R2 基因型2 0.9660133962 ASV7 3681 P53 基因型1 0.5047305636 ASV3 2149 P16 genotype4 0.3943842907

然后我需要计算每个基因型中每个 ASV 的相对丰度总和。每个基因型由 1-5 个样本表示，根据样本中的出现情况，我有 2,464 行的 44 个 ASV

为了显示每个 ASV 及其跨基因型（包括样本 ID）的 rel_abund，我

dat %>%
  count(OTU, SampleID, rel_abund, Genotype) %>%
  pivot_wider(names_from = SampleID, values_from = n)

在

OTU rel_abund Genotype 1P-R1 1P- 中尝试了此结果R2 P1 ...... ASV1 0.0000000000 基因型11 1 1 NA NA NA NA NA
ASV1 0.0000000000 genotype2 NA NA 1 NA NA NA NA

然后，

dat %>%
  group_by(OTU, Genotype) %>%
  summarize(Summed_rel_abund = sum(rel_abund >= 0, na.rm = TRUE)) 

给出：

OTU Genotype Summed_rel_abund ASV1 基因型1 1
ASV1 基因型3 3
ASV1 基因型2 1
ASV1 基因型5 3
ASV1 基因型6 2
ASV10 基因型7 5
ASV10 genotype8 5

我不知道总和是整数，而总和值是小数。我对最后一步有疑问，需要更正！ 谢谢

Answer 1

目前，sum(rel_abund >= 0) 正在对 >= 0 测试的 TRUE 值求和，将每个值计为 1，因此有效地只是计数。要对值 >= 0 的值求和，请尝试 sum(rel_abund[rel_abund >= 0], na.rm = TRUE)：

dat %>%
  group_by(OTU, Genotype) %>%
  summarize(Summed_rel_abund = sum(rel_abund[rel_abund >= 0], na.rm = TRUE)) 

#> # A tibble: 4 x 3
#> # Groups:   OTU [4]
#>   OTU   Genotype  Summed_rel_abund
#>   <chr> <chr>                <dbl>
#> 1 ASV2  genotype1            0.280
#> 2 ASV3  genotype4            0.394
#> 3 ASV4  genotype2            0.966
#> 4 ASV7  genotype1            0.505

^{创建于 2022 年 3 月 18 日，由 < a href="https://reprex.tidyverse.org" rel="nofollow noreferrer">reprex 包 (v2.0.1)}