R 中两端重叠的和弦图()

Question

我正在尝试使用 R 中的 circlize 包中的 chordDiagram() 函数在 R 中生成和弦图的修改版本。

假设我们有这个玩具示例（至于包的文档）：

require(circlize)
df = expand.grid(letters[1:3], LETTERS[1:4])
df$value = 1
df$value2 = 3 
chordDiagram(df[, 1:3])

输出将非常简单：

现在，问题是：让我们假设我需要使两个“端”重叠来表示交叉点，例如，从 b-->A 出发的色带和从 a-->A 出发的色带，因此它们在同一扇区中结束，彼此“合并”（如下图所示）。

这可能吗？我在文档中没有找到任何示例，也无法通过调整选项来执行此任务。

希望我说清楚了。感谢您的任何尝试。

Answer 1

如果我理解正确的话，你想在图中制作重叠的部分。例如 S3 -> E2 和 S2 -> E2。您创建一个具有格式的矩阵，以便您在图中获得重叠的路径。我将用以下代码为您提供一个示例：

首先创建一个在 S 和 E 之间具有不同值的连接的矩阵：

library(circlize)
set.seed(999)
mat = matrix(sample(18, 18), 3, 6) 
rownames(mat) = paste0("S", 1:3)
colnames(mat) = paste0("E", 1:6)
mat

   E1 E2 E3 E4 E5 E6
S1  4 14 13 17  5  2
S2  7  1  6  8 12 15
S3  9 10  3 16 11 18

接下来创建一个数据框，其格式为列的格式，其中字符从到另一个字符，并带有值以检查模式更多轻松：

df = data.frame(from = rep(rownames(mat), times = ncol(mat)),
                to = rep(colnames(mat), each = nrow(mat)),
                value = as.vector(mat),
                stringsAsFactors = FALSE)

   from to value
1    S1 E1     4
2    S2 E1     7
3    S3 E1     9
4    S1 E2    14
5    S2 E2     1
6    S3 E2    10
7    S1 E3    13
8    S2 E3     6
9    S3 E3     3
10   S1 E4    17
11   S2 E4     8
12   S3 E4    16
13   S1 E5     5
14   S2 E5    12
15   S3 E5    11
16   S1 E6     2
17   S2 E6    15
18   S3 E6    18

使用 mat 绘制输出：

chordDiagram(mat)

如您所见，S3 -> 的路径存在一些重叠。 E2 和 S2 -> E2。