无法在 R 包 Divnet 生成的 phyloseq 对象上按组绘图

Question

我打算绘制我的样本的 alpha 多样性图，该图由三组组成。 Alpha多样性是通过R包Divnet计算的。它涉及使用 phyloseq 作为依赖项。

每个样本的组在 phyloseq 对象“df_family”中的 sam_data、列“type”中指定 “dv”是由多样性估计和标准误差组成的列表。

这是我使用的代码：

dv$shannon %>% plot(df_family, color = "type", group = df_family@sam_data$type) +
 xlab("sample type") +
 ylab("Shannon diversity estimate (family level)") +
 coord_cartesian(ylim = c(0,5))`

这是我得到的：

样本是独立显示的，而不是聚集为一组

这是我想要得到的：

Answer 1

一旦您有了 phyloseq 对象 df_family，您就可以使用 phyloseq 中的函数 estimate_richness。
然后，您可以将示例元数据连接到该 alpha 多样性数据框。
最后，您可以直接使用 ggplot2 来相应地自定义绘图，例如在 x 轴上放置不同的样本组（此处为 SampleType）：

library(tidyverse)
library(phyloseq)

# get example phy object
otufile <- system.file("extdata", "GP_otu_table_rand_short.txt.gz", package = "phyloseq")
mapfile <- system.file("extdata", "master_map.txt", package = "phyloseq")
df_family <- import_qiime(otufile, mapfile, trefile, showProgress = FALSE)

alphadiv <-
  df_family %>%
  estimate_richness() %>%
  as_tibble(rownames = "sample_id") %>%
  left_join(df_family@sam_data %>% as_tibble(rownames = "sample_id"))
alphadiv

alphadiv %>%
  ggplot(aes(x = SampleType, y = Shannon)) +
  geom_boxplot()

您还可以添加额外的aes 中的示例属性，例如 aes(x = SampleType, y = Shannon, color = my_group) 如果 my_group 是单元格包含 f、li 或 si 的示例属性列。