计算 n=1000 的样本比例以及 R 中样本比例的平均值
我想计算 AATAA 的 5-Mers 样本比例的平均值。但坚持从 NC_006620.3 的前 100,000 个核苷酸中获取 100 个样本,每个样本长度为 1000 个 5-MERS 样本比例,这些样本是 AATAA
library(ape)
library(seqinr)
library("stringr")
dog_ch38 <- read.GenBank("NC_006620.3") #
dog_ch38 <- str_to_upper(dog_ch38)
enter code here
get_DNA_sample <- function(DNA, n){
N <- str_length(DNA)
start <- sample(1:(N - n + 1), size = 1)
return(str_sub(DNA, start, start + n - 1))
}
get_DNA_sample(dog_ch38, 1000)
I want to calculate the mean of the sample proportions of 5-Mers that are AATAA. But stuck in obtaining 100 samples each of length 1000 of sample proportion of 5-MERS that are AATAA from the first 100,000 nucleotides of NC_006620.3
library(ape)
library(seqinr)
library("stringr")
dog_ch38 <- read.GenBank("NC_006620.3") #
dog_ch38 <- str_to_upper(dog_ch38)
enter code here
get_DNA_sample <- function(DNA, n){
N <- str_length(DNA)
start <- sample(1:(N - n + 1), size = 1)
return(str_sub(DNA, start, start + n - 1))
}
get_DNA_sample(dog_ch38, 1000)
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