在 Rprofile.site 中使用 .libPaths 更改 R 默认库路径失败

Question

我在 Windows 上运行 R，而不是以管理员身份运行。当我安装软件包时，以下命令不起作用：

> install.packages("zoo")
Installing package(s) into ‘C:/Program Files/R/R-2.15.2/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  'lib = "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"' is not writable

要安装软件包，我必须指定库位置：

install.packages("zoo", lib="C:/software/Rpackages")

要加载软件包，我还必须指定库位置：

library("zoo", lib.loc="C:/software/Rpackages")

所有这些都可以，但我想要看看我是否可以以某种方式将 C:/software/Rpackages 添加到库路径中，从而不必每次都键入它。

当我在线搜索时，我发现一种方法是编辑 Rprofile.site 文件并添加以下行

.libPaths("C:/software/Rpackages")

但是，在执行此操作并启动 RStudio 后，这是我得到的输出

> .libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" "C:/Program Files/RStudio/R/library" 

我添加到 Rprofile.site 的 .libPaths 命令似乎没有任何效果！为什么会这样呢？或者更重要的是，如何解决问题，以便无需输入库位置即可安装和加载软件包？

注意：如果我启动 RStudio，.libPaths() 命令似乎可以正常工作，这

.libPaths("C:/software/Rpackages")
> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"

不是很奇怪吗？

Answer 1

在 Ubuntu 上，推荐方式 更改用户的默认库路径的方法是在~/.Renviron 文件中设置R_LIBS_USER 变量。

touch ~/.Renviron
echo "R_LIBS_USER=/custom/path/in/absolute/form" >> ~/.Renviron

Answer 2

只需将 R 库的默认文件夹更改为没有管理员权限的目录，例如

.libPaths("C:/R/libs")

Answer 3

我真的很难理解这一点。当我上次重新安装操作系统时，gorkypl 给出了上面的正确解决方案。 Rstudio 但这一次，设置我的环境变量没有解决。

卸载 R 和 Rstudio，创建目录 C:\R 和 C:\Rstudio，然后重新安装两者。

将 R_LIBS_USER 用户变量定义到您的首选目录（根据 gorkypl 的答案）并重新启动计算机以加载用户变量。打开 Rstudio，错误应该消失了。

您还可以使用 Sys.setenv() 将 R_LIBS_USER 修改为您的替代库的路径，这样更容易，并且不需要重新启动计算机。

要查看 R_LIBS_USER 设置为：
?Sys.getenv()

阅读 help(Startup) 很有用。

Answer 4

如果在安装新版本的 R 或通过任何其他方式后您的默认包库已更改，您可以在以下命令的帮助下附加这两个库以使用所有包。
获取现有的库路径：

.libPaths()

现在，设置现有的旧路径：

.libPaths(c(.libPaths(), "~/yourOldPath"))

希望有帮助。

Answer 5

我遇到了同样的问题，遇到了 this 。如果您想创建另一个位置，c("C:/Users/mynewlocation") 也应该可以工作。正如此处所述“您应该能够右键单击 Rstudio.exe 图标，单击“属性”，然后选择一个选项以始终以管理员身份运行 Rstudio，请确保每次打开 Rstudio 时都使用相同的图标。”

    myPaths <- .libPaths()   # get the paths
myPaths <- c(myPaths[2], myPaths[1])  # switch them
.libPaths(myPaths)  # reassign them

Answer 6

我读了自述文件。他们提到在命令行中使用 .libPaths() 来检查存在哪些路径。我之前有 2 个库路径。当我在我想要的地方使用命令 .libpath("C:/Program Files/R/R-3.2.4revised/library") 时，它更改了库路径。当我再次在命令行输入 .libPaths() 时，它显示了正确的路径。希望这有帮助

Answer 7

由于这里的大多数答案都与 Windows 和 Windows 相关。 Mac OS，（考虑到我也遇到过这个问题）我决定发布帮助我在我的 Arch Linux 设置上解决这个问题的过程。

第 1 步：

• 在您的系统中进行全局搜索（例如 ANGRYSearch），查找术语 Renviron（这是配置文件，其中包含设置用户库）。
• 它应该在以下目录路径中仅返回两个结果：
  1. <代码>/etc/R/
  2. /usr/lib/R/etc/
     注意： Renviron 配置文件存储在 1 和 2 处。 2（上面）彼此热链接（这意味着当保存正在编辑的文件时，对一个文件所做的更改将自动[以相同的形式/结构]应用于另一个文件 - [您还需要 sudo 保存文件编辑后的权限])。

第 2 步：

• 导航到第一个目录路径 ( /etc/R/ ) 并使用您喜欢的文本编辑器打开 Renviron 文件。
• 进入 Renviron 文件后，搜索 R_LIBS_USER 标记，并将大括号部分中的文本更新为您所需的目录路径。

  示例：
  ...更改自（原始条目）：
  R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0'}
  ...更改为（您想要的条目）：
  R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/Apps/R/rUserLibs'}

第 3 步：

• 保存您创建的 Renviron 文件刚刚编辑...完成！！

Answer 8

getwd()
# [1] "C:/Users/..../software/My R studio"

使用双引号复制上面的链接

.libPaths(new="C:/Users/..../software/My R studio")

您的默认路径将更改以安装软件包

Answer 9

如果您想永久更改库路径（无需每次进入 R 时调用 .libPath() ，这对我有用：

1. 在您的主目录下创建 .Rprofile。(~/.Rprofile)

2. 类型。
   .libPaths(c( .libPaths(), "你的新路径" ))
   在 .Rprofile 文件中，保存。

3. 打开R（任何目录）并检查，只需输入.libPaths()，你可以发现你的libaray路径已更新！

Answer 10

我知道这听起来很疯狂，但问题（如果您使用的是 Windows）是您没有以管理员身份启动 R Studio。

如果您单击下拉菜单选择安装包位置，您就会知道这是您的，并且它不会让您选择其他位置。

关闭 R Studio 即可。找到该应用程序。右键单击它并“以管理员身份运行”，

然后您将能够更改安装位置。

Answer 11

我正在研究这个问题，因为 R 在安装到默认位置时遇到问题，而是只是将包放入临时文件夹中。事实证明，这是 Mcaffee Endpoint Security 的最新更新，显然与 R 存在问题。您可以在安装软件包时禁用威胁防护，它将正常工作。

Answer 12

正确的解决方案是将环境变量 R_LIBS_USER 设置为所需库文件夹的文件路径值，而不是让 RStudio 识别 Rprofile.site 文件。

要在 Windows 中设置环境变量 R_LIBS_USER，请转到控制面板（系统属性 -> 高级系统属性 -> 环境变量 -> 用户变量）为所需的值（库的路径）文件夹），例如，

Variable name: R_LIBS_USER 
Variable value: C:/software/Rpackages  

如果由于某种原因您无法访问控制面板，您可以尝试在 Windows 上从命令行运行 rundll32 sysdm.cpl,EditEnvironmentVariables 并添加从那里的环境变量。

设置 R_LIBS_USER 将确保该库首先显示在 .libPaths() 中，无论是直接启动 RStudio 还是通过右键单击文件并“打开方式”来启动 RStudio。

如果始终通过单击 RStudio 快捷方式启动 RStudio，则 Rprofile 解决方案可以工作。在这种情况下，将默认工作目录设置为存放 Rprofile 的目录< /a> 就足够了。单击文件启动 RStudio 时，Rprofile 解决方案不起作用，因为这会将工作目录更改为默认工作目录。

Answer 13

我通常尝试将所有包保留在一个库中，但如果您想添加一个库，为什么不将新库（必须已存在于您的文件系统中）附加到现有库路径中呢？

.libPaths( c( .libPaths(), "~/userLibrary") )
 # obviously this would need to be a valid file directory in your OS
 # min just happened to be on a Mac that day

或者（这将使 userLibrary 成为放置新包的第一个地方）：

.libPaths( c( "~/userLibrary" , .libPaths() ) )

然后我得到（至少在我最初写这篇文章时）：

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library"
[2] "/Users/user_name/userLibrary"  

.libPaths 函数与大多数其他非图形有点不同功能。它通过副作用起作用。报告和更改 R 环境变量的函数 Sys.getenv 和 Sys.setenv 已被拆分，但 .libPaths 可以报告或更改它的目标。

有关 R 启动过程的信息可以在 ?Startup 帮助页面阅读，并且有 RStudio 材料：https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200549016-Customizing-RStudio

在根据您的情况，RStudio 似乎不尊重 Rprofile.site 设置，或者可能通过从 RStudio 默认值之一读取 .Rprofile 设置来覆盖它们。还应该提到的是，此操作的结果还会附加对 .Library 和 .Library.site 的调用内容，这也是 RStudio-（或任何其他 IDE 或网络安装的 R 可能会表现出不同的行为。

由于 Sys.getenv() 返回 R 进程的当前系统环境，因此您可以使用以下命令查看库和其他路径：

Sys.getenv()[ grep("LIB|PATH", names(Sys.getenv())) ]

对于存储和访问包来说重要的两个是（现在在 Linux 机器上有所不同） ）：

R_LIBS_SITE                          /usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library
R_LIBS_USER                          /home/david/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5.1/
 

Answer 14

我通过将代码放置在默认工作目录的 .Rprofile 文件中成功解决了该问题。

首先，我找到了默认工作目录的位置

> getwd()
[1] "C:/Users/me/Documents"

然后我使用文本编辑器编写了一个简单的.Rprofile文件，其中包含以下行

.libPaths("C:/software/Rpackages")

最后，当我启动R时并运行 .libPaths() 我得到了所需的输出：

> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library"

Answer 15

https://superuser.com/questions/749283/change-rstudio-library- path-at-home-directory

编辑 ~/.Renviron

R_LIBS_USER=/some/path

Answer 16

我在此处找到了我认为的解决方案 （感谢 SFU 的 Carl Schwarz）添加了一个永久识别的个人库（您不必在每个会话中定义它），无论使用 R 还是 Rstudio，并且 Rstudio 将其视为默认值在我的 Mac 机器上。我没有看到它在 SO 上明确地列出了这一点，所以我总结了他们为 Windows 和 Mac 提供的步骤。

对于 Windows 7 操作系统：

1. 在您想要存放个人库的驱动器上创建一个目录，例如 C:\User\Rlibs（或您有权访问的其他目录）

2. 在 Windows 中搜索/转到“编辑您的帐户的环境变量”用于编辑控制面板设置的搜索栏

3. 单击“环境变量”窗口中间的“新建...”

4. 在“新建用户变量”窗口中，键入“变量名称”R_LIBS，以及变量的路径您创建的个人库目录，例如C:\User\Rlibs

5. 单击“确定”，您应该在“用户变量”窗口中看到变量/值对

6. 再次单击“确定”

现在，当您启动 R（或 Rstudio）并键入命令 .libPaths() 时，您应该会看到您创建的个人库以及 R 系统库。

对于 Mac：

1. 在“Home”或“用户名”目录中创建一个名为 Rlibs 的文件夹

2. 启动终端应用程序

3. 类型：echo "R_LIBS=~/Rlibs" > .Renviron 确保拼写和大小写匹配。

4. 输入 ls -a 查看目录中文件的完整列表，其中现在应包括 .Renvrion

5. 验证 .Renviron文件已正确设置：more .Renviron

启动 R/Rstudio 并输入 .libPaths()，您应该会看到通往您个人图书馆的新路径。

Answer 17

如果您没有管理员权限，打开位于 \R-3.1.0\etc 中的 Rprofile.site 文件并添加

.First <- function(){
  .libPaths("your path here")
}

：在启动时直接评估 .libPath() 命令