灵敏度和特异性最大总和的最佳截止点

Question

我想计算我的 glm 模型的敏感性特异性总和最大化阈值（约登指数）：

model = glm(present ~ Summer_precipitation + Summer_Temperature + Frost_days + Snowcover_days + Forest_presence + Population_密度 + Tick_密度 + Vaccination_coverage, family = binomial( link = "logit"), data = tbe_data)

我计算了模型的预测概率。 “天气数据”是上面模型中列出的所有协变量栅格的堆叠栅格文件。

#根据天气数据创建预测

predictions=predict(weather_data,model,type="response")

#plot 预测

plot(predictions)

我现在如何计算最佳概率模型的截止点？我会使用“cutpointr”函数，但不知道如何使代码适应我的情况

Answer 1

我使用 R 包 dismo 进行许多建模评估。您可以首先计算完美的 threshold()，然后精确地使用该阈值evaluate()。