为什么我无法通过 automator 工作流程执行 pubmex.py python 脚本？

Question

我试图通过 macOS Automator 执行 python 脚本，方法是选择第一个文件，然后从我的查找器中调用 Automator 工作流程，如下图所示。

我尝试执行的 python 文件是一个脚本，该脚本应该将期刊文章的文件名更改为标准化格式。 GitHub 存储库

为什么我在尝试在 pdf 上使用 python 脚本时收到以下错误通过 Automator 工作流程文件？

似乎在使用 pubmex 附带的 Automator 安装时找不到 pubmex.py。

    for f in "$@"
    do
        pubmex.py $f
    done

显示以下错误：

操作“运行 Shell 脚本”遇到错误：“zsh:3: 未找到命令：pubmex.py”

当指定另一个 pubmex.py 文件的直接位置时发生错误。

    for f in "$@"
    do
        /users/suntim/miniforge3/bin/pubmex.py $f
    done

显示以下错误：

“运行 Shell 脚本”操作遇到错误：“”

当指定 python 和 pubmex.py 文件的直接位置时，会发生另一个错误。

    for f in "$@"
    do
        /usr/local/bin/python3 /users/suntim/miniforge3/bin/pubmex.py $f
    done

显示以下错误：

操作“运行 Shell 脚本”遇到错误：“回溯（最近一次调用最后）：文件“/users/suntim/miniforge3/bin/pubmex.py”，第 27 行，在 < 中;模块> from Bio import Entrez ModuleNotFoundError：没有名为“Bio”的模块”

我已安装所有依赖项 pip3 install pubmex、pip3 install biopython、brew install poppler。正如 readme.md 中所说，biopython 应该通过 brew 安装，我认为这是一个错误。我是通过 pip3 安装的。

无论使用 zsh 还是 bash 版本，都会出现相同的错误消息。