在 dockerfile 中运行 conda update 时出现问题

Question

我正在尝试使用一些 conda 环境创建一个 docker 容器。当我以交互模式运行容器时，运行

conda update --all
conda env create -f env.yml

没有任何问题。但是，每当我尝试使用 Docker 文件执行这些命令时，我都会收到

/bin/sh: 1: conda: command not foud

如下所示的 Docker 文件：

FROM ubuntu:latest
RUN apt-get update && \
    apt-get install unzip && \
    mkdir /install && \
    apt-get install nano
COPY Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh env.yml /install/
WORKDIR /install
RUN bash Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh -b && \
    echo "export PATH="/root/anaconda3/bin:$PATH"" >> ~/.bashrc && \
    /bin/bash -c "source ~/.bashrc"
RUN conda update --all
RUN conda env create -f env.yml

因此看来正在使用 sh 而不是 bash，因此我将 Dockerfile 编辑为以下内容：

FROM ubuntu:latest
RUN apt-get update && \
    apt-get install unzip && \
    mkdir /install && \
    apt-get install nano
COPY Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh env.yml /install/
WORKDIR /install
RUN bash Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh -b && \
    echo "export PATH="/root/anaconda3/bin:$PATH"" >> ~/.bashrc && \
    /bin/bash -c "source ~/.bashrc"
RUN /bin/bash -c "conda update --all"

并出现以下错误

/bin/bash: conda: command not found

Answer 1

在 Dockerfile 中执行 anaconda 之前，您必须在构建时使用 ENV 变量将 anaconda 添加到 PATH 中。

RUN bash Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh -b && \
    echo "export PATH="/root/anaconda3/bin:$PATH"" >> ~/.bashrc && \
    /bin/bash -c "source ~/.bashrc"
ENV PATH /root/anaconda3/bin:$PATH
RUN conda update --all

更新 .bashrc 中的 PATH 将使在使用 docker run 运行时可以在容器内调用 conda，但不能在 .bashrc 中的其他 RUN 语句中调用 conda泊坞窗文件。