使用 samtools 索引索引排序的对齐文件会给出“Exec 格式错误”
我正在与 samtools 索引作斗争。
我已经使用“bwa mem reference.fa seq.fastq > alg.sam”进行了对齐。
使用“samtools view -S -h -b alg.sam > alg.bam”将生成的 sam 文件转换为 bam 格式。
接下来，使用“sort -h alg.bam >sorted.bam”对文件进行排序。
现在我们遇到了问题：“samtools index -b排序.bam”总是返回以下错误：
“无法打开文件“sorted.bam”：执行格式错误 samtools 索引： 无法打开“sorted.bam”：执行格式错误”
我读到 samtools 版本 1.9 经常返回此错误。但是，我安装了 samtools 版本 1.10，但仍然找不到解决此问题的方法。
I am struggling with samtools index.
I already did the alignment using "bwa mem reference.fa seq.fastq > alg.sam".
The resulting sam file was converted to bam format using "samtools view -S -h -b alg.sam > alg.bam".
Next, the files were sorted by using "sort -h alg.bam >sorted.bam".
And now we come to the problem: "samtools index -b sorted.bam" always returns the following error:
"failed to open file "sorted.bam" : Exec format error samtools index:
failed to open "sorted.bam": Exec format error"
I read that the samtools version 1.9 returns this error quite often. However, I have samtools version 1.10 installed and still could not find a way to solve this issue.
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评论（1）
我终于发现了错误。我们需要写
“samtools 排序 alg.bam -o 排序.bam”
然后输出可以用作 samtools 索引的输入
I finally found the mistake. We need to write
"samtools sort alg.bam -o sorted.bam"
The output can then be used as input for samtools index