将一堆 .dat 文件（图像）转换为 avi 文件？

发布于 2025-01-12 05:09:11 字数 817 浏览 0 评论 0原文

我正在研究分析细胞旋转的项目。该信息存储在包含细胞图像的 .dat 文件中。我必须将其转换为 tiff 文件，然后将所有图像连接起来以获得 avi 视频。问题是我没有找到有关 dat 和 tiff 文件的文档。当我尝试使用 Python 打开 .dat 文件时，我收到此错误消息：

UnicodeDecodeError: 'utf-8' 编解码器无法解码位置 1 中的字节 0x9f: 无效的起始字节

相机是 Andor Neo5.5 scmos(https://andor.oxinst.com/assets/uploads/products/andor/documents/andor-neo-scmos-species.pdf）

这是 .dat 的示例文件：

https://drive.google.com/file/d/180VuU7XO9suUK0v8G1mlQu_ZGRdUHD0z/view? usp=sharing

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高跟鞋的旋律 2025-01-19 05:09:11

根据 AndorSDK 和一些逆向工程，38.dat 文件包含一个 4 字节整数，指定后面的数据长度，后面是 Mono12Packed 编码的帧数据和一些附加元数据，全部采用小端字节顺序。

.DAT 文件序列中的帧数据可以解码并写入多页 TIFF 文件，而不会损失精度。 DAT 文件中的一些元数据会丢失：

import glob
import numpy
import tifffile

width = 2560
height = 2160

datfiles = glob.glob('*.dat')

with tifffile.TiffWriter('datfiles.tif', bigtiff=False) as tif:
    for datfile in datfiles:
        data = numpy.fromfile(
            datfile,
            count=width * height * 3 // 2,  # 12 bit packed
            offset=4,  # 4 byte integer header
            dtype=numpy.uint8,
        ).astype(numpy.uint16)
        image = numpy.zeros(width * height, numpy.uint16)
        image[0::2] = (data[1::3] & 15) | (data[0::3] << 4)
        image[1::2] = (data[1::3] >> 4) | (data[2::3] << 4)
        image.shape = height, width
        tif.write(
            image, photometric='minisblack', compression=None, metadata=None
        )

根据帧数据的总大小，使用压缩和/或 BigTIFF 格式。将帧数据保存为 AVI 时，部分数据会丢失。

According to the AndorSDK and some reverse engineering, the 38.dat file contains a 4 byte integer, specifying the length of the data to follow, followed by the Mono12Packed encoded frame data and some additional metadata, all in little-endian byte order.

The frame data from a sequence of .DAT files can be decoded and written to a multi-page TIFF file without precision loss. Some metadata from the DAT files is lost:

import glob
import numpy
import tifffile

width = 2560
height = 2160

datfiles = glob.glob('*.dat')

with tifffile.TiffWriter('datfiles.tif', bigtiff=False) as tif:
    for datfile in datfiles:
        data = numpy.fromfile(
            datfile,
            count=width * height * 3 // 2,  # 12 bit packed
            offset=4,  # 4 byte integer header
            dtype=numpy.uint8,
        ).astype(numpy.uint16)
        image = numpy.zeros(width * height, numpy.uint16)
        image[0::2] = (data[1::3] & 15) | (data[0::3] << 4)
        image[1::2] = (data[1::3] >> 4) | (data[2::3] << 4)
        image.shape = height, width
        tif.write(
            image, photometric='minisblack', compression=None, metadata=None
        )

Depending on the total size of the frame data, use compression and/or the BigTIFF format. When saving the frame data as AVI, some data will be lost.

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