Snakemake：如何强制创建所有 conda 环境

Question

我知道通过添加选项 --conda-create-envs-only 您可以为工作流程创建 conda 环境。但是，是否可以在事先不知道工作流 DAG 的情况下强制创建 workflow/envs/ 下的所有 conda 环境？

原因是我计划在 HPC 上运行 Snakemake，并且计算节点没有互联网。因此，我必须在具有互联网的构建节点中设置环境。问题是我只能访问计算节点中的输入数据。

Answer 1

也许将创建 conda 环境本身作为目标？类似于，未测试：

localrules: all, make_envs

rule all:
    input:
        # Maybe not needed:
        expand('{env}.done', env= ['env1', 'env2'])


rule make_envs:
    conda:
        'workflow/envs/{env}.yaml',
    output:
        touch('{env}.done'),


rule one:
    input:
        'env1.done',
    conda:
        'workflow/envs/env1.yaml',
    output: ...
    shell: ...

规则 one 将找到创建的 conda env，因为它需要 env1.done 作为输入