将临床病例的重叠点堆叠在小提琴图的顶部

Question

第一次在这里发帖。如果我错过了解决我的情况所需的东西，我深表歉意。

我有一个匹配的病例对照设计，其中三个“年轻”临床病例与一个“年轻”对照组年龄匹配，三个“老年”病例与一个“老年”对照组匹配。我正在尝试在小提琴图中绘制对照组分布，并将相应的匹配案例叠加为数据点（博士生导师建议每个案例的数据点都有独特的形状和颜色，以帮助跟踪整个小提琴系列中的案例）地块）。

到目前为止，我的新手解决方案是为每个对照组创建一个数据框，然后为案例创建单独的数据框。创建绘图并添加格式详细信息，例如数据点的形状、颜色。

我的代码设置数据框，然后是绘图示例：

#remove the cases and put into a separate data frame
case_1.1 <- FTD_data[1:1, ]
case_1.2 <- FTD_data[2:2, ]
case_1.3 <- FTD_data[3:3, ]
case_2.1 <- FTD_data[13:13, ]
case_2.2 <- FTD_data[14:14, ]
case_2.3 <- FTD_data[15:15, ]

#remove control groups and put into own group
young_controls <- FTD_data [4:12, ]
old_controls <- FTD_data [16:23, ]

#example plot
ggplot(data = young_controls, aes(x = strange_stories_ToM_mean, y = analysis_group, fill = 
analysis_group)) + 
geom_point(data=case_1.1, aes(x = strange_stories_ToM_mean, y = analysis_group, colour = "Case 
1.1"), fill = "deeppink1", col = "deeppink1", pch = 21, size = 5) +
labs (color = "Young cases") +
geom_point(data=case_1.2, aes(x = strange_stories_ToM_mean, y = analysis_group, colour = "Case 
1.2"), fill = "indianred3", col = "indianred3", pch=24, size = 4) +
geom_point(data=case_1.3, aes(x = strange_stories_ToM_mean, y = analysis_group, colour = "Case 
1.3"), fill = "blueviolet", col = "blueviolet", pch=22, size = 5, 
position=position_jitter(h=0.09,w=0.0)) +
geom_violin(trim = FALSE,
          alpha = 0.2,
          draw_quantiles = c(0.25, 0.5, 0.75))+
theme_classic() + 
scale_fill_manual(values = c("gray90")) + 
guides(fill = "none") 

不过，我遇到的一个恼人的问题是案例中的数据点重叠（如下图所示）。我尝试过“position=position_jitter(h=0.09,w=0.0)”，但这每次都会移动数据点，因为抖动会引入噪声。我需要一些一致且可重复的东西来定位重叠点，因为我将在论文中排列几个图。需要垂直堆叠。

具有重叠问题的绘图示例

我也尝试过：

`position_jitter(width = NULL, height = NULL，seed = NA)'

，但随后收到以下错误：

'Error in `check_subclass()`:
! `stat` must be either a string or a Stat object, not an S3 object with class 
PositionJitter/Position/ggproto/gg'

关于重叠问题有什么想法吗？另外，关于我如何设置数据框以及我是否以正确的方式或繁琐的方式进行设置的任何反馈！我发现这是最容易单独操作每个数据点的解决方案。

Answer 1

简短回答：尝试 position_dodge()。

更长的答案：

是的，为每个观察创建单独的数据框并为每个观察手动设置美学有点麻烦！您通常希望将值保留在同一数据框中，然后只需告诉 ggplot 哪些维度是重要的以及将这些维度映射到什么美学即可。在个人观察很重要的情况下，您可以将美学映射到唯一的主题 ID。

也就是说，当您想要为不同的子集提供完全不同的几何图形（例如用于控件的小提琴和用于案例的点）时，使用单独的数据框会很有帮助，因此您的方向是正确的。

library(ggplot2)
set.seed(22)

# fake data
cases <- data.frame(
  id = factor(1:6),
  strange_stories_ToM_mean = sample(6:8, 6, replace = TRUE),
  age = factor(c(rep("young", 3), rep("old", 3)))
)
controls <- data.frame(
  id = 7:23,
  strange_stories_ToM_mean = sample(c(6,6,7,7,7,7,7,7,7,8,8,8,9,9,9,9,9), 17),
  age = c(rep("young", 9), rep("old", 8))
)

ggplot(data = controls, aes(strange_stories_ToM_mean, age)) + 
  geom_violin(
    trim = FALSE, 
    alpha = 0.2, 
    draw_quantiles = c(0.25, 0.5, 0.75), 
    fill = "gray90"
  ) +
  geom_point(
    data = cases, 
    aes(colour = id, shape = id),  # map color/shape to individual cases
    position = position_dodge(width = .2),    # spread cases apart to avoid overplotting
    size = 5,
    show.legend = FALSE
  ) +
  theme_classic()

PS - 如果您仍然想为每种情况指定特定的颜色或形状，可以使用 scale_color_manual() 和 scale_shape_manual()。