在同一图中合并多个（> 2）生存曲线（空模型）

Question

我正在尝试使用 survminer 包中的函数 ggsurvplot_combine 将多个 survfit 对象组合在同一个绘图上。当我列出 2 个 survfit 对象的列表时，它完美地工作了。但是，当我以不同的方式组合 3 个 survfit 对象时，我收到错误：

级别错误 - (tmp value = as.character(levels))：因子级别 3 重复

我读过类似的帖子关于组合生存图（https://cran.r-project.org/web/packages/survminer/survminer.pdf，https://github.com/kassambara/survminer/issues/195，R 在同一图中绘制多条生存曲线, https://rpkgs.datanovia.com/survminer/reference/ggsurvplot_combine.html）并针对此特定错误，使用“unique”提供了解决方案。然而，我什至不明白这个错误是由哪个因素变量引起的。我无权分享我的数据或数字，因此我将尝试复制它：

1. 数据：

• 时间：直到事件或后续
• 端点结束之间的后续行动：1=事件，0=无事件或审查

2. 空模型：

• KM1 <- survfit(Surv(data$time1,data$endpoint1)~1,
  type="kaplan-meier", conf.type="log", data=data)
• KM2 <- survfit(Surv(data$time2,data$endpoint2)~1, type="kaplan-meier",
  conf.type="log", data=data)
• KM3 <- survfit(Surv(data$time3,data$endpoint3)~1, type="kaplan-meier",
  conf.type="log", data=data)

3. 列出空模型：

• list_that_works <- list(KM1,KM3)
• list_that_fails <- list(KM1,KM2,KM3) 列表似乎只包含两个参数：list(PFS=, OS=)

4. 将 >2 个空模型合并到一个图中：

ggsurvplot_combine(list_that_works, data=data, conf. int = TRUE，fun =“事件”，combine = TRUE） 这给出了我正在寻找的图，但有 2 条累积发生率曲线。

ggsurvplot_combine（list_that_fails，data = data，conf.int = TRUE，fun =“event”，combine = TRUE） 这会给出错误“级别错误 - (tmp value = as.character(levels)): 因子级别 3 重复”。

当我尝试使用 using 组合 3 个图时 ggsurvplot(c(KM1,KM2,KM3), data=data, conf.int=TRUE, fun="event",combine=TRUE)，给出错误：

错误：mutate() '列 'survsummary' 出现问题 survsummary = purrr::map2(grouped.d$fit, grouped.d$name, .surv_summary, data=data'.x $ 运算符对于原子向量无效。

非常感谢任何帮助！ 另外，另一种结合 surv 适合的方式也非常受欢迎！ 我最好的选择是它与仅包含两个参数的“列表”函数有关：list(PFS=, OS=)

Answer 1

我修好了！我不会删除帖子，而是分享我的解决方案，它可能对其他人有帮助：

我制作了公式列表而不是空模型，所以：

formulas <- list(
KM1 = Surv(time1, endpoint1)~1, 
KM2 = Surv(time2, endpoint2)~1, 
KM3 = Surv(time3, endpoint3)~1)

我一次制作了 3 个公式的空模型：

fit <- surv_fit(formulas, data=data)
    

然后我用这个生存拟合做了一个情节：

ggsurvplot_combine(fit, data=data)