具有三个分类变量的 Rstudio gtsummary 表

Question

我正在尝试弄清楚如何将 gtsummary 包用于我的数据集。

我有三个分类值，其中两个设置为分层。我对每个样本的频率不感兴趣，但想要表中的数值。

目前我正在使用这个简单的代码（x、y、z 是我的分类值，而 SOC 是数值。Y 和 Z 应该放在标题（地层）中。

Data %>%
  select(x, y, z , SOC) %>%
  tbl_strata(strata=z,
             .tbl_fun =
               ~ .x %>%
               tbl_summary(by = y , missing = "no"),
              statistic = list(all_continuous()~ "{mean} ({sd})" ))%>%
  modify_caption("**Soil organic carbon [%]**")%>%
  bold_labels()

编辑

让我们以试验数据集为例：

trial %>%
  select(trt, grade, stage, age, marker) %>%
  tbl_strata(strata=stage,
             ~tbl_summary(.x, by = grade , missing = "no"),
             statistic = list(all_continuous()~ "{mean} ({sd})" 
))%>%
  bold_labels()

什么我正在寻找这样的表格，但没有显示每种治疗的频率（药物 A、B），我只希望年龄和标记显示在我的表格中，但按我想要的治疗进行组织。第一部分仅显示年龄和标记对于接受药物 A 的组。然后是显示药物 B 相同情况的部分。

编辑 2

您的输入正是我正在寻找的内容。使用试​​用数据集，它工作得很好。但是，我输入我的数据，数值全部在一列而不是行中。我仍然得到频率，但我不明白为什么我使用完全相同的代码和相同数量的变量，我的表格看起来有点像这样：

< /a>

Answer 1

我认为对 tbl_strata() 的嵌套调用（一个合并，另一个堆叠）将为您带来所需的结果。下面举例！

library(gtsummary)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.5.2'

tbl <- 
  trial %>%
  select(trt, grade, stage, age, marker) %>%
  tbl_strata(
    strata = trt, 
    function(data) {
      data %>%
        tbl_strata(
          strata = stage,
          ~ tbl_summary(
            .x,
            by = grade,
            statistic = all_continuous() ~ "{mean} ({sd})",
            missing = "no"
          ) %>%
            modify_header(all_stat_cols() ~ "**{level}**")
        )
    },
    .combine_with = "tbl_stack",
    .combine_args = list(group_header = c("Drug A", "Drug B"))
  ) %>% 
  bold_labels()

^{由 reprex 包 (v2.0.1) 创建于 2022 年 3 月 4 日}