一个输入文件产生多个输出文件

Question

这是 Snakemake 的一种向后方法，其主要范例是“一项工作 -> 一项输出”，但我需要在 slurm 批处理作业提交集群上的同一输入矩阵上并行重新运行我的脚本。我该如何实现这一目标？

我尝试指定多个线程、多个节点，每次都指示每个任务一个 cpu，但它从不提交一组包含许多作业的数组，而只是提交一组包含一个作业的数组。

Answer 1

我认为没有一个好的方法来提交这样的数组作业。在snakemake中，您需要为每个作业指定唯一的输出。但你可以有相同的输入。如果您想要运行 1000 次作业：

ids = range(1000)
rule all:
    input: expand('output_{sample}_{id}', sample=samples, id=ids)

rule simulation:
    input: 'input_{sample}'
    output: 'output_{sample}_{id}'
    shell: echo {input} > {output}

如果这没有帮助，请提供有关您尝试运行的规则/作业的更多信息。