正则表达式捕获组适用于 regex101，不适用于 sed

Question

我发现了其他一些类似标题的问题，但没有找到答案。

我的文本是：

##bcftools_mergeCommand=merge --force-samples -m none -O v -o analysis/STUDY1/hg19/exome/merged.vcf --threads 4 analysis/STUDY1/hg19/exome/varscan_norm.vcf.gz analysis/STUDY1/hg19/exome/gatk_norm.vcf.gz analysis/STUDY1/hg19/exome/samtools_norm.vcf.gz analysis/STUDY1/hg19/exome/freebayes_norm.vcf.gz

我想要 .vcf.gz 文件的名称。

sed 给我：

echo "##bcftools_mergeCommand=merge --force-samples -m none -O v -o analysis/STUDY1/hg19/exome/merged.vcf --threads 4 analysis/STUDY1/hg19/exome/varscan_norm.vcf.gz analysis/STUDY1/hg19/exome/gatk_norm.vcf.gz analysis/STUDY1/hg19/exome/samtools_norm.vcf.gz analysis/STUDY1/hg19/exome/freebayes_norm.vcf.gz" | sed -En 's/\/([^\/]+\.vcf\.gz)/\1/g'

结果为空。

Regex101 给出：

https://regex101.com/r/h3OGvN/1

Answer 1

这可能对您有用（GNU sed）：

sed -E 'y/ \//\n\n/;/\`\S+\.vcf\.gz$/MP;D' file

将空格和 / 与换行符匹配，并使用 P;D 习惯用法打印/删除结果中第一行的匹配项

Answer 2

为什么不使用 grep ？

$ data='##bcftools_mergeCommand=merge --force-samples -m none -O v -o analysis/STUDY1/hg19/exome/merged.vcf --threads 4 analysis/STUDY1/hg19/exome/varscan_norm.vcf.gz analysis/STUDY1/hg19/exome/gatk_norm.vcf.gz analysis/STUDY1/hg19/exome/samtools_norm.vcf.gz analysis/STUDY1/hg19/exome/freebayes_norm.vcf.gz'
$ echo $data | grep -Eo [^\/]+\.vcf\.gz
varscan_norm.vcf.gz
gatk_norm.vcf.gz
samtools_norm.vcf.gz
freebayes_norm.vcf.gz

---

• -E：将模式解释为扩展正则表达式。
• -o：仅打印匹配的（非空）部分。

Answer 3

Regex101 支持的正则表达式方言与 sed 理解的方言不同。

具体来说，（去掉多余的 g 标志并）添加一个 p 标志来打印匹配的行来修复这个特定的脚本；但在一般情况下，不要依赖不直接支持您实际想要使用的工具。