带有names_from两个不同变量的pivot_wider

Question

我有一个关于使用两个变量的组合（类别）来旋转数据框的问题。

我有以下数据框：

df <- data.frame(id = (c(1,1,1,1,1,1,2,2,2,2,3,3,3,3,3,4,4,4,4,5,5,5,5,5,5)),
             genes = c(4,4,4,5,5,5,4,4,4,5,4,4,5,5,5,4,4,4,5,4,4,4,5,5,5),
             proteins = c(1,2,3,1,2,3,1,2,3,1,1,2,1,2,3,1,2,3,2,1,2,3,1,2,3),
             values =c(1,4,5,6,4,10,5,4,6,13,14,54,34,67,45,1,3,5,7,5,12,5,6,44,3))

基因和蛋白质变量代表同一个人的重复测量中的不同组合（类别）。例如，第一次测量 id 1 给出基因“4”和蛋白质“1”的组合，第二次测量同一 id 给出基因“4”和蛋白质“2”的组合，依此类推。变量基因和蛋白质总共有 6 种组合（即 4 & 1、4 & 2、4 & 3、5 & 1、5 & 2 和 5 & 3），其中一些 id如您所见，并非全部都有。

我想要的是通过将这 6 个组合作为列 group_by() id 来旋转该数据框。这意味着每个人只有一行数据，这些类别的 6 列（4 & 1、4 & 2、4 & 3、5 & 1、5 & 2 和 5 & 3）， “值”变量将位于每个相应的组合/类别下。

我想在数据框中得到的输出如下： Gene_pro4_1、gene_pro4_2 等是基因和蛋白质列的组合类别，

     ID  gen_pro4_1   gen_pro4_2    gen_pro4_3    gen_pro5_1    gen_pro5_2     gen_pro5_3
1    1        1            4              5           6              4              10
2    2        5            4              6           13             NA             NA 
3    3        14           54             NA          34             67             45
4    4        1            3              5           NA             7              NA
5    5        5            12             5           6              44             3

非常感谢您的帮助。

Answer 1

这里有一个方法——

tidyr::pivot_wider(df, 
                   names_from = c(genes, proteins), 
                   values_from = values,
                   names_prefix = 'gen_pro')

#     id gen_pro4_1 gen_pro4_2 gen_pro4_3 gen_pro5_1 gen_pro5_2 gen_pro5_3
#  <dbl>      <dbl>      <dbl>      <dbl>      <dbl>      <dbl>      <dbl>
#1     1          1          4          5          6          4         10
#2     2          5          4          6         13         NA         NA
#3     3         14         54         NA         34         67         45
#4     4          1          3          5         NA          7         NA
#5     5          5         12          5          6         44          3

Answer 2

这个答案虽然与其他答案非常相似（几秒钟前发布），但它展示了如何使用 names_glue 通过字符串插值来组成通用名称组合。

df |>
  pivot_wider(id_cols = id,
              names_from = c(genes,proteins),
              names_glue = "gen_pro{genes}_{proteins}",
              values_from = values)

+ # A tibble: 5 × 7
     id gen_pro4_1 gen_pro4_2 gen_pro4_3 gen_pro5_1 gen_pro5_2 gen_pro5_3
  <dbl>      <dbl>      <dbl>      <dbl>      <dbl>      <dbl>      <dbl>
1     1          1          4          5          6          4         10
2     2          5          4          6         13         NA         NA
3     3         14         54         NA         34         67         45
4     4          1          3          5         NA          7         NA
5     5          5         12          5          6         44          3