预安装 conda envs Snakemake

Question

当尝试运行 Snakemake 时，我总是必须安装/下载 conda envs。

(snakemake) (ec2-user)$ bash run_snakemake.sh
Building DAG of jobs...
Creating conda environment ../envs/svg_env.yaml...
Downloading and installing remote packages.

有办法预装吗？我注意到 conda envs 安装在 .snakemake/ 文件夹内。

Answer 1

根据 docs，运行此命令将创建环境：

snakemake --use-conda --conda-create-envs-only

相关引用：

Conda 部署也适用于离线或气隙环境。运行 snakemake --use-conda --conda-create-envs-only 只会安装所需的 conda 环境，而不会运行完整的工作流程。随后使用 --use-conda 运行将使用本地环境，无需访问互联网。

Answer 2

@SultanOrazbayev 对于预安装有正确的答案，但根据您每次运行时重新安装的问题，我还想指出，默认情况下，snakemake 将其 .snakemake 目录放在工作目录中。如果您使用它多次运行工作流程，可能会导致环境重新安装。为了防止这种情况，您可以设置 singularity-prefix 和 conda-prefix 选项。

另外值得注意的是，虽然它被称为 conda-create-envs-only，但如果您使用 use-singularity 运行，它也会设置奇点图像。