lmer 对象的预测函数出错

Question

我正在尝试使用 lmer 而不是 重现 Roland 的代码 中的情节>nlme 模型，但我在使用 predict 函数时遇到错误：

library(nlme)
library(lme4)
library(ggplot2)

fm2 <- lmer(distance ~ age + Sex + (1|Subject), data = Orthodont)

newdat <- expand.grid(Sex=unique(Orthodont$Sex),
                  age=c(min(Orthodont$age),
                            max(Orthodont$age)))

p <- ggplot(Orthodont, aes(x=age, y=distance, colour=Sex)) +
  geom_point(size=3) +
  geom_line(aes(y=predict(fm2), group=Subject, size="Subjects")) +
  geom_line(data=newdat, aes(y=predict(fm2, level=0, newdata=newdat), size="Population")) +
  scale_size_manual(name="Predictions", values=c("Subjects"=0.5, "Population"=3)) +
  theme_bw(base_size=22)

这是我得到的错误：

Error in eval(predvars, data, env) : object 'Subject' not found
In addition: Warning message:
In predict.merMod(fm2, level = 0, newdata = newdat) :
  unused arguments ignored

Answer 1

如果您想绘制主题级别的预测，则需要在预测框架中包含 Subject：

pframe <- with(Orthodont,
  expand.grid(Sex=unique($Sex),
              age=range(age),
              Subject=unique(Subject))
)

或者，您可以在 中包含 re.form = ~0 Predict 调用：这相当于（忽略！）当前代码中的 level=0 规范，仅适用于 lme ...