是否可以在 Snakemake 文件的所有规则中传递一组（多个）通配符？

Question

所以，由于我是 Snakemake 的新手，我不确定我是否完全理解它，所以尽我最大的努力以我理解的方式。我正在尝试运行我的规则，该规则实际上使用另一个不同的规则，并根据其输出创建一组新文件。然而，这两个有不同的通配符，这就带来了麻烦。

configfile: "config.yaml"
include: "rules/rule_with_query.smk"
rule all:
        expand(rules.query_hail.output, id=config['listID'], conf=config['confs'])

rule all 实际上不接受多个通配符。然而，我的规则需要两个，因为前一个规则使用 confs ，当前规则需要 id 。

这是我的规则：

def get_query_fName(wildcards):
    return config["listID"][wildcards.listID]
rule query_hail:
    input:
        rules.prev_rule.output
    params:
        config['id1_or_id2']
    output:
        "file_with_data{id}.tsv"
    script:
        "../scripts/script_for_data.py"

因此，如果我同时尝试两个通配符（我放置第二个的通配符）将不起作用。我还尝试将它们放在方括号中，即作为列表，但这也不起作用。

    expand(rules.query_hail.output, [conf=config['conf'], idlocus=config['listID']])

那么我应该怎么做，我应该如何调用通配符以便我的规则起作用？

Answer 1

由于 conf 不在 query_hail 的输出中，Snakemake 不知道如何处理它 - expand 本质上相当于

"file_with_data{id}.tsv".format(id=some_id_from_id_list, conf=some_conf_from_conf_list)

对于 listID 中的所有 id 和confs 中的所有conf。 conf 无处可去。

如果仅编写 rule all as

rule all:
    input:
        expand("file_with_data{id}.tsv", id=config['listID'])

不起作用，您可能需要更多内容来确保可以从 query_hail 推断出 prev_rule 中的通配符。