R：暂时覆盖函数和范围/命名空间

Question

考虑以下 R 代码：

local({
  lm <- function(x) x^2 
  lm(10)
})

这会暂时覆盖 lm 函数，但是一旦执行 local ，它将“恢复正常”。我想知道为什么相同的方法在下一个简单示例中似乎不起作用：

require(car)
model <- lm(len ~ dose, data=ToothGrowth)
local({
  vcov <- function(x) hccm(x) #robust var-cov matrix
  confint(model) # confint will call vcov, but not the above one.
})

confint 函数使用 vcov 函数来获取系数的标准误差，并且这个想法是通过暂时覆盖 vcov 来使用强大的 var-cov 矩阵，而无需“手动”执行操作或更改函数。

vcov 和 confint 都是通用函数，我不知道这是否是它无法按预期工作的原因。这不是我感兴趣的具体例子；而是概念性的课程。这是命名空间还是范围“问题”？

Answer 1

我们展示了如何使用代理对象执行此操作（请参阅本文档的代理部分） ，首先使用proto 包，然后不使用：

1) proto。由于 confint.lm 正在调用 vcov，我们需要确保 (a) 我们对 vcov 的新替换位于修订后的 confint 中。 lm 的环境和 (b) 修改后的 confint.lm 仍然可以访问其原始对象。 （例如，confint.lm 调用 stats 中的隐藏函数 format.perc，因此如果我们没有安排第二点为 true，则无法访问隐藏函数.)

为了执行上述操作，我们创建一个新的 confint.lm，它是相同的，只是它有一个新环境（代理环境），其中包含我们的替换 vcov 并且其父级又是原始的confint.lm 环境。下面，代理环境被实现为原始对象，其中需要了解的关键项目是：(a) 原始对象是环境，以及 (b) 按照所示方式将函数放置在原始对象中，将其环境更改为该原始对象。另外，为了避免 S3 将 confint 分派到 confint.lm 时出现任何问题，我们直接调用 confint.lm 方法。

虽然 hccm 在这里似乎没有任何不同的结果，但我们可以通过观察 trace 的输出来验证它是否已运行：

library(car)
library(proto)

trace(hccm)

model <- lm(len ~ dose, data=ToothGrowth)
proto(environment(stats:::confint.lm), # set parent
    vcov = function(x) hccm(x), #robust var-cov matrix
    confint.lm = stats:::confint.lm)[["confint.lm"]](model)

有关另一个示例，请参见示例 2 此处。

2) 环境。没有原型的代码有点繁重（事实上，它大约使代码大小增加了一倍），但这里是：

library(car)

trace(hccm)

model <- lm(len ~ dose, data=ToothGrowth)
local({
  vcov <- function(x) hccm(x) #robust var-cov matrix
  confint.lm <- stats:::confint.lm
  environment(confint.lm) <- environment()
  confint.lm(model) # confint will call vcov, but not the above one.
}, envir = new.env(parent = environment(stats:::confint.lm)))

编辑：清晰度方面的各种改进

Answer 2

这是因为函数 confint 和 vcov 都位于命名空间“stats”中。您在此处调用的 confint() 有效地获取 stats::vcov，很大程度上是因为这就是命名空间的用途 - 您可以编写自己的版本，但不会损害其他预期的行为。

在第一个示例中，您仍然可以安全地调用依赖 stats::lm 的其他函数，并且不会因本地修改而感到不安。