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使用 Python 从 FASTA 制作 Blast 数据库

发布于 2025-01-07 01:17:46 字数 444 浏览 0 评论 0原文

我该怎么做？我使用 Biopython 并已经看过手册。当然，我可以在独立的 NCBI BLAST+ 中使用“makeblastdb”从 FASTA 制作blastdb，但我想在一个程序中完成整个过程。

似乎有两种可能的解决方案。

找到执行此工作的函数。
<块引用>
我找不到这个。我已经花了一整天了。
在 python 中运行“makeblastdb”。
<块引用>
我在 python shell 中输入 os.system("C:\blast-2.2.25+\bin\makeblastdb.exe")，但无法给出任何参数。

How can I solve this? Thank you for your helping.

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撧情箌佬 2025-01-14 01:17:46

这是经典的 Blast，但我认为这个想法保持不变。代码是从我的应用程序KimBlast。我认为这是不言自明的：

def on_execute_setup(self, evt):
    """on pressing execute button"""
    FORMAT_EXE = os.path.join(self.blastpath, 'bin', 'formatdb')
    fasta = os.path.join(self.dbpath, self.fasta)
    format_filename = self.format_file.rsplit('.', 1)[0] 
    format_filepath = os.path.join(self.dbpath, format_filename)
    format_type = 'T' if self.format_type == 'protein' else 'F' 

    format_cmd = '%s -i %s -p %s -n %s' % (FORMAT_EXE, fasta, 
                                           format_type, format_filepath)
    process = subprocess.Popen(format_cmd,
                                stdout=subprocess.PIPE,
                                stderr=subprocess.PIPE,
                                shell=False)

    (out, err) = process.communicate()

This is classic Blast, but I think the idea stays the same. Code is extracted from my application KimBlast. I think it is self-explaining:

def on_execute_setup(self, evt):
    """on pressing execute button"""
    FORMAT_EXE = os.path.join(self.blastpath, 'bin', 'formatdb')
    fasta = os.path.join(self.dbpath, self.fasta)
    format_filename = self.format_file.rsplit('.', 1)[0] 
    format_filepath = os.path.join(self.dbpath, format_filename)
    format_type = 'T' if self.format_type == 'protein' else 'F' 

    format_cmd = '%s -i %s -p %s -n %s' % (FORMAT_EXE, fasta, 
                                           format_type, format_filepath)
    process = subprocess.Popen(format_cmd,
                                stdout=subprocess.PIPE,
                                stderr=subprocess.PIPE,
                                shell=False)

    (out, err) = process.communicate()

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