调用R脚本中的函数时如何获取R脚本文件名？

Question

我有几个 R 脚本文件，例如 f1.R、f2.R、f3.R。

我有另一个名为 AddSignal(signal) 的函数，它将信号向量添加到列表中。 f1.R、f2.R等中的函数可以调用此AddSignal()函数。

现在我想要的是，在函数 AddSignal() 中，除了执行添加信号部分之外，它还记录 R 文件中的哪个函数进行了调用。例如，我想知道 f1.R 中的函数 ff1() 添加了信号 sig1。

有办法做到这一点吗？

事实上，使用 sys.call()，我可以知道哪个函数（例如 ff1()）调用了 AddSignal()。但我不知道 ff1() 位于哪个 R 文件中。我可以看到一种困难的方法，就是扫描所有 .R 文件，然后存储文件名和函数名的映射。但我想看看是否有更简单的方法。

谢谢。

Answer 1

我要做的是创建一个查找表，将函数映射到它所在的 .R 文件。每次添加、删除或移动函数时，您都必须重新创建此表，但我认为最好每次要查找函数的源文件时都重新生成表。因此，这是我对创建这样一个表的看法：

library(plyr)

functionsFromRfile = function(filename) {
# Get all functions from a source file. Create new enviroment
# source the functions into them and use ls() to extract names.
  e = new.env()
  source(filename, local = e)
  return(ls(envir = e))
}

# This assumes you are in the directory with your R code,
# and that all files need to be included. You can also
# make this list manually ofcourse
Rfiles = list.files(".", pattern = ".R")
# Get a list of functions for each .R file
lutFunc2sourcefile = ldply(Rfiles, function(x) {
  return(data.frame(fname = x, func = functionsFromRfile(x)))
})

对于我自己的一个包，这会导致：

> head(lutFunc2sourcefile)
               fname                func
1 autofitVariogram.r    autofitVariogram
2     autoKrige.cv.r        autoKrige.cv
3     autoKrige.cv.r checkIfautokrige.cv
4     autoKrige.cv.r          compare.cv
5     autoKrige.cv.r   cv.compare.bubble
6     autoKrige.cv.r   cv.compare.ggplot

您可以使用查找表来使用从 sys.call 获取的函数名称来执行映射。

编辑：鉴于您对非函数代码的评论，此代码使用解析，它不会评估代码。它搜索 parse 的输出，并清除函数，并且不应评估任何不是函数的代码或返回代码。我还没有彻底测试过，你可以尝试一下。

library(plyr)

Rfiles = list.files(".", pattern = "(.R|.r)")
lutFunc2sourcefile = ldply(Rfiles, function(fname) {
   f = parse(fname)
   functions = sapply(strsplit(as.character(f), "="), function(l) {
     if(grepl("^function", sub(' ', '', l[2]))) {
       return(l[1])
     } else {
       return(NA)
     }
    })
   return(data.frame(fname, func = functions))  
})
# Remove lines with func = NA
lutFunc2sourcefile = lutFunc2sourcefile[!is.na(lutFunc2sourcefile$func),]

Answer 2

您可以将 AddSignal(signal) 修改为

AddSignal(signal, filename=NULL){
  ...
  ...
  return(list(signal=signal,filename=filename))}

Answer 3

fn <- commandArgs()[4]

filename <- strsplit(fn, "=")[[1]][2]

cat(filename)