Biopython 的 calc_dihedral() 需要哪些原子来计算所有 3 个二面角？
我想计算余数中的所有三个二面角。
Biopython 的 calc_dihedral(atom1,atom2,atom3,atom4) 需要四个原子的向量坐标作为参数，并返回单个值的输出。我不确定输出代表三个角度中的哪一个。
请建议残基中的哪些原子需要计算哪个角度以及原子坐标应以什么顺序在函数中作为参数给出。
I want to calculate all the three dihedral angles in a residue.
calc_dihedral(atom1, atom2, atom3, atom4) of Biopython requires vector coordinates of four atoms as arguments and returns an output of a single value. I'm not sure which of the three angles output represents.
Please suggest which atoms in the residue are required to calculate which angle and in what order the atom coordinates should be given in the function as arguments.
如果你对这篇内容有疑问，欢迎到本站社区发帖提问 参与讨论，获取更多帮助，或者扫码二维码加入 Web 技术交流群。
绑定邮箱获取回复消息
由于您还没有绑定你的真实邮箱，如果其他用户或者作者回复了您的评论，将不能在第一时间通知您！
发布评论
评论（2）
二面角沿着四个原子 1、2、3 和 4 的链中原子 2 和 3 的键“扭曲”。
在 Ramachandran 图中使用了两个二面角 psi 和 phi，在 Biopython 中获得这些角很容易 - 请参阅http://www.warwick.ac.uk/go/peter_cock/python/ramachandran/calculate/
您在寻找哪三个角度？
The dihedral angle is "twisting" along the bond of atoms 2 and 3 in a chain of four atoms 1, 2, 3 and 4.
Two dihedral angles psi and phi are used in Ramachandran Plots, and getting those is easy in Biopython - see http://www.warwick.ac.uk/go/peter_cock/python/ramachandran/calculate/
Which three angles are you looking for?
我们只需要主链原子 N、CA、C。因此对于蛋白质链，我们得到 N,CA,C,N,CA,C,N,CA,C,N,CA,C。
我们需要在平面上定义它们，为了找出角度，我们需要两个平面（plane1：C，N，CA）（plane2：N，CA，C）。我们忽略第一个残基的 N,CA。仅考虑粗体原子。所以你提交了粗体原子（一个残基的 3 个原子和第二个残基的第 4 个原子。）我不知道 omega。
We need backbone atoms only N,CA,C. so for the protein chain we get N,CA,C,N,CA,C,N,CA,C,N,CA,C.
we need to define them in plane, to find out the angle we need two planes (plane1: C,N,CA)(plane2: N,CA,C). we neglect the N,CA for first residue. Consider the bolded atoms only. so you submit the bolded atoms (3 atoms of one residue and 4th atom from the second residue.) I dont know about omega.