使用 igraph：由 decompose.graph() 构建的组件的社区成员资格

Question

我非常感谢使用 decompose.graph、来自 igraph 和 lapply 的社区检测功能的帮助。

我有一个 igraph 对象 G，其顶点属性“标签”和边缘属性“权重”。我想使用 igraph 中的不同函数来计算社区成员资格，为简单起见，将其设为 walktrap.community。

该图没有连接，这就是为什么我决定分解它 进入连接的组件并在每个组件上运行 walktrap.community ，然后将社区成员资格顶点属性添加到原始图 G 中。

我当前正在执行以下操作

comps <- decompose.graph(G,min.vertices=2)
communities <- lapply(comps,walktrap.community)

此时我陷入困境，因为我得到了列表具有我无法弄清楚的结构的对象。 decompose.graph 上的文档只告诉它返回列表对象，当我对结果使用 lapply 时，我完全感到困惑。此外，每个组件中的社区从 0 开始编号，我不知道如何将 weights 参数提供给 walktrap.community 函数。

如果不是这些组件，我会执行以下操作：

wt <- walktrap.community(G, modularity=TRUE, weights=E(G)$weight)
wmemb <- community.to.membership(G, wt$merges,steps=which.max(wt$modularity)-1)
V(G)$"walktrap" <- wmemb$membership

有人可以帮我解决这个问题吗？或者提供一些 有帮助的信息/链接吗？

Answer 1

您可以使用循环：

library(igraph)
set.seed(2)
G <- erdos.renyi.game(100, 1/50)
comps <- decompose.graph(G,min.vertices=2)
length(comps)  # 2 components, in this example
for(i in seq_along(comps)) { # For each subgraph comps[[i]]
  wt <- walktrap.community(comps[[i]], modularity=TRUE, weights=E(comps[[i]])$weight)
  wmemb <- community.to.membership(comps[[i]], wt$merges,steps=which.max(wt$modularity)-1)
  V(comps[[i]])$"walktrap" <- wmemb$membership
}

可以使用 lapply 和 mapply 来实现，但可读性较差。

comps <- decompose.graph(G,min.vertices=2)
wt <- lapply( comps, function(u)
  walktrap.community(u, modularity=TRUE, weights=E(u)$weight)
)
wmemb <- mapply( 
  function(u,v) community.to.membership(u, v$merges,steps=which.max(v$modularity)-1),
  comps, wt,
  SIMPLIFY=FALSE
)
comps <- mapply( 
  function(u,v) { V(u)$"walktrap" <- v$membership; u },
  comps, wmemb,
  SIMPLIFY=FALSE
)