R 命令行参数和 makefile

Question

我在组合 makefile 和接受命令行参数的 R 程序时遇到问题。

一个例子： 我编写了一个 R 文件，它接受命令行参数并生成绘图。

代码

    args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
    if (length(args) != 1) {
    cat("You must supply only one number\n")
    quit()
    }
    inputnumber <- args[1]
    pdf("Rplot.pdf")
    plot(1:inputnumber,type="l")
    dev.off()

Makefile

all : make Rplot.pdf
Rplot.pdf : test.R
        cat test.R | R --slave --args 10

现在的问题是如何提供 --args （本例中为 10），以便我可以这样说： make Rplot.pdf -10

我理解它更多是一个 Makefile 问题，而不是 R 问题。

Answer 1

你在这里有两个问题。

第一个问题是关于命令行参数解析的，我们已经在网站上提出了几个相关问题。请搜索“[r] optparse getopt”以查找例如

• 解析命令行R 脚本中的参数
• R 命令行将文件名传递给参数中的脚本（Windows )
• 有吗用于处理 R 中的命令行选项的包？

等。

第二个问题涉及基本的 Makefile 语法和用法，是的，网上也有很多教程。您基本上可以像 shell 参数一样提供它们。这是我的 Makefile 的一部分（来自 RInside 的示例），我们在其中查询 R 到命令行标志等：

## comment this out if you need a different version of R, 
## and set set R_HOME accordingly as an environment variable
R_HOME :=       $(shell R RHOME)

sources :=      $(wildcard *.cpp)
programs :=     $(sources:.cpp=)


## include headers and libraries for R 
RCPPFLAGS :=    $(shell $(R_HOME)/bin/R CMD config --cppflags)
RLDFLAGS :=     $(shell $(R_HOME)/bin/R CMD config --ldflags)
RBLAS :=        $(shell $(R_HOME)/bin/R CMD config BLAS_LIBS)
RLAPACK :=      $(shell $(R_HOME)/bin/R CMD config LAPACK_LIBS)

## include headers and libraries for Rcpp interface classes
RCPPINCL :=     $(shell echo 'Rcpp:::CxxFlags()' | \
                           $(R_HOME)/bin/R --vanilla --slave)
RCPPLIBS :=     $(shell echo 'Rcpp:::LdFlags()'  | \
                           $(R_HOME)/bin/R --vanilla --slave)


## include headers and libraries for RInside embedding classes
RINSIDEINCL :=  $(shell echo 'RInside:::CxxFlags()' | \
                            $(R_HOME)/bin/R --vanilla --slave)
RINSIDELIBS :=  $(shell echo 'RInside:::LdFlags()'  | \
                            $(R_HOME)/bin/R --vanilla --slave)

[...]

Answer 2

您可以按如下方式定义命名参数：

$ cat Makefile 
all:
    echo $(ARG)

$ make ARG=1 all
echo 1
1

您还可以使用 Rscript test.R 10 代替 cat test.R | R --slave --args 10
。