R在同一个包中使用s3和s4方法进行模拟

Question

我对我编写的 R 包中的错误感到困惑

found an S4 version of 'simulate' so it has not been imported correctly 

，该包包含将 Simulate() 方法定义为 S3 方法。因为模拟的泛型已经定义，所以我只需定义一个simulate.myclass (

该软件包还依赖于另一个具有 S4 版本模拟的软件包。加载我的包时，我收到上面的 S4 版本错误。我不确定是什么产生了错误。

通过获取来自github的包来重现示例，或者执行

require(devtools) 
install_github("pmc", "cboettig")
require(pmc)

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重现此错误从头开始：使用最少的描述文件创建一个新包。包括进口描述：哎呀。创建一个命名空间并添加导入（ouch）和S3method（模拟，测试）。创建 R 目录，添加一个简单的 R 脚本（我已经包含了 roxygen 文档，它将生成我刚才提到的命名空间，但在没有 devtools/roxygen 的情况下也可能会创建此错误）：

#' simulate
#' 
#' a test for s3/s4 conflicts
#' @param object who cares?
#' @param nsim guess.
#' @param seed yup
#' @param ... other parameters we will just ignore
#' @return something
#' @method simulate test
#' @S3method simulate test
#' @import ouch
simulate.test <- function(object, nsim = 1, seed = NULL, ...){
  message("This test worked")
}

安装软件包（首先包含 devtools 的文档如果你愿意的话），然后你会得到错误。

到目前为止，我最好的解决方案是从命名空间中删除 S3method 行，并导出完整的函数simulate.test。这将通过检查并安装而不会发出警告，但显然是一个较差的解决方案。

一个不同的解决方案是在依赖和导入中添加 ouch，并正确记录 S3 方法（如上所述）。然后一切都按预期进行，但警告消息仍然存在。

Answer 1

simulate 是在 stats 中定义的 S3 泛型，因此根据“编写 R 扩展”的第 1.6.2 节（示例不清楚 - 泛型有例外）在 base 中定义）您的 NAMESPACE 文件应该包含

importFrom(stats, simulate)
S3method(simulate, fitContinuous)

有关“找到 S4 方法”的内容似乎反映了问题何时被发现 - 尝试将 S4 方法添加到不可见的 S3 泛型（这个“它”我猜测指的是通用模拟）。