从文本文件中检索特定数据并将其保存在 MATLAB 中的新文件中

Question

我正在尝试从 txt 文件中检索特定数据，并希望将其保存在新的 txt 文件中。

以下是我想从文本文件中检索的数据示例：

//
FORMAT CDDF1.0
DOMAIN 1cuk003
VERSION   3.1.0
VERDATE   20-Jan-2007
NAME   Ruva protein. Chain: null. Engineered: yes
SOURCE Escherichia coli. Strain: 12 bl21 (de3).  Expressed in: escherichia co
SOURCE li.
CATHCODE  1.10.8.10
CLASS  Mainly Alpha
ARCH   Orthogonal Bundle
TOPOL  Helicase, Ruva Protein; domain 3 
HOMOL  DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain
DLENGTH   48
DSEQH  >pdb|1cuk003
DSEQS  TDDAEQEAVARLVALGYKPQEASRMVSKIARPDASSETLIREALRAAL
NSEGMENTS 1
SEGMENT   1cuk003:1:1
SRANGE START=156  STOP=203
SLENGTH   48
SSEQH  >pdb|1cuk003:1:1
SSEQS  TDDAEQEAVARLVALGYKPQEASRMVSKIARPDASSETLIREALRAAL
ENDSEG
//

从这些详细信息中，我尝试检索“DOMAIN，SRANGE START AND STOP”，但我只想选择信息，而不是文件名的标题。例如，DOMAIN 是 1cuk003，我只想从中选择“1cuk003”。

我需要将这些数据存储在数组中吗？或者有什么其他方法可以用来解决这个问题。另外，我还有超过 10,000 个具有不同值的数据。

另一部分是，一旦我检索了这些数据，我想使用“sprintf”格式化数据，例如。 sprintf('INSERT INTO postgres VALUES %d,%d.',array1,array2);

这可能吗？

基本上，最后，我想要一个文本文件，其中包含存储的所有数据的 SQL INSERT 语句，我可以在 PostgreSQL 中轻松执行它们。

我做了一个测试代码，它打开一个文本文件，复制数据并将其保存在一个新的文本文件中。

fid = fopen('sample.txt');    
readfile = fread(fid, '*char');    
fclose(fid);                        
output = fopen('output_sample.txt', 'wt');
fprintf(output,'%s \n', readfile);
fclose(output);

谢谢。

Answer 1

有几个 MATLAB 函数可以派上用场：

• fgetl：读取单个函数文件中的行
• strtok：分割字符串
• 开关：从不同的操作中进行选择
• regexp：匹配正则表达式

有了这些，基本工作流程如下：

domain = '';
start = '';
stop = '';
fin = fopen('sample.txt', 'r');
fout = fopen('output.txt', 'w');
% TODO: Add error check!
while true
    line = fgetl(fin); % Get the next line from the file
    if ~ischar(line)
        % End of file
        break;
    end
    [key, value] = strtok(line); % Split line at the first space
    switch key
        case 'DOMAIN'
           % Store domain
           domain = value;
        case 'SRANGE'
           % Retrieve start and stop values
           m = regexp(value, 'START=(\d+)\s*STOP=(\d+)', 'tokens');
           start = m{1};
           stop = m{2};

           % Print result
           fprintf(fout, 'INSERT INTO postgres VALUES %s, %s, %s.\n', domain, start, stop);
    end
end
fclose(fin);
fclose(fout);

我目前无法访问 MATLAB 安装，所以上面的代码没有经过测试。不过，它应该能让你继续前进。