如何对 PCoA 散点图进行颜色编码

Question

所以我对此很陌生。我需要在以下数据矩阵上运行 PCoA。我能够使用 ADE4、labdsv、Ginko、Aabel 软件运行我的分析。困扰我的是如何对散点图中的标签进行颜色编码。我的矩阵是一个存在/不存在矩阵，顺序如下：

SpecieName Value1 Value2
A1         0      1
A2         1      1
A3         1      1
B1         0      0
B2         0      1
E1         1      0
E2         0      0

我想要的是用红色表示 A1、A2 和 A3，>B1 和 B2 为蓝色，所有 E 为黑色。任何帮助将不胜感激。

Answer 1

只需将表示这些组的因子传递给绘图命令即可：

data = read.table('data.txt', header=T)

data.pca = prcomp(data[,-1])

groups = factor(gsub('(.).', '\\1', data$SpecieName))

plot(data.pca$x, col=groups)

另外，如果您想设置 < em>特定颜色，您始终可以以相同的方式索引到自定义列表：

cols = c('red', 'blue', 'black')[groups]
plot(data.pca$x, col=cols)