获取 DNA 子串的原始顺序

Question

我想获取长DNA序列的子串

例如，给定：

1/ATXGAAATTXXGGAAGGGGTGG
2/AATXGAAGGAAGGAAGGGGATATTX
3/AAAAAATTXXGGAAGGGGXTTTA
4/AAAATTXXATAXXGGAAGGGGXTXG
5/ATTATTGTTXAXTATTT

输出为：

1/TXG    -  TTXX
2/TXG     -
3/       -  TTXX
4/TTXX  -   TXG
5/             -    

我尝试了以下正则表达式模式：

(TXG|TTXX) 

它有效，结果放入列表中，但我不知道如何检索原始序列中出现的每个结果的顺序。那是， TTXX 和 TXG 是否分别出现在序列 4 中的第一个和第二个，以及序列 1 中的第二个和第一个；在第二个和第三个结果中，这更困难，因为 match-xx 函数调用不提供从相关序列中获取的子字符串的索引。感谢您的见解。

Answer 1

怎么样：

#!/usr/bin/perl 
use strict;
use warnings;
use Data::Dump qw(dump);

my %res;
while(my $line = <DATA>) {
    chomp$line;
    while($line =~ /TXG|TTXX/g) {
        push @{$res{$line}}, "found 
amp; at pos:".(pos($line)-length(
amp;));
    }
}
dump%res;

__DATA__
ATXGAAATTXXGGAAGGGGTGG
AATXGAAGGAAGGAAGGGGATATTX
AAAAAATTXXGGAAGGGGXTTTA
AAAATTXXATAXXGGAAGGGGXTXG
ATTATTGTTXXXTATTT

输出：

(
  "ATTATTGTTXXXTATTT",
  ["found TTXX at pos:7"],
  "AATXGAAGGAAGGAAGGGGATATTX",
  ["found TXG at pos:2"],
  "AAAAAATTXXGGAAGGGGXTTTA",
  ["found TTXX at pos:6"],
  "AAAATTXXATAXXGGAAGGGGXTXG",
  ["found TTXX at pos:4", "found TXG at pos:22"],
  "ATXGAAATTXXGGAAGGGGTGG",
  ["found TXG at pos:1", "found TTXX at pos:7"],
)

Answer 2

如果你放置 2 个匹配函数怎么办？

my $result="";

$result.="TXG" if(/TXG/);
$result.="TTXX" if (/TTXX/);

print $result;

Answer 3

perl -ne'($a)=/(TXG)/gc;($b)=/\G.*(TTXX)/;($a,$b)=($1,$a)if$a and not$b and/(TTXX)/;m{^(\d/)};printf"$1%5s -%5s\n",$a,$b'