Bash grep 某物。然后找到位置

发布于 2024-12-18 06:30:15 字数 221 浏览 1 评论 0原文

我一直想知道这个问题; 假设我首先尝试从文件中 grep 一些行:

cat 101127_2.bam |grep 'TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA'

然后它会弹出包含该字符串的整行。 但是,我们可以使用一些简单的bash代码来定位这个字符串所在的行吗? (第 100 个?第 1000 个?...)

I've long been wondering about this question;
say I first try to grep some lines from a file:

cat 101127_2.bam |grep 'TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA'

Then it'll pop out the whole line containing this string.
However, can we use some simple bash code to locate at which line this string locates? (100th? 1000th?...)

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评论(3

烟酉 2024-12-25 06:30:15
grep -n 'TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA' 101127_2.bam

我使用 man grep 找到它并编写 /行号

// 编辑:谢谢@Keith Thompson 我正在编辑 cat 文件 | 的帖子grep -n 模式grep -n 模式文件,我很着急抱歉

grep -n 'TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA' 101127_2.bam

I found it using man grep and writing /line number

// EDIT: Thanks @Keith Thompson I'm editing post from cat file | grep -n pattern to grep -n pattern file, I was in a hurry sorry

一梦等七年七年为一梦 2024-12-25 06:30:15

试试这个:

cat 101127_2.bam |grep -n 'TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA'

try this:

cat 101127_2.bam |grep -n 'TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA'
三岁铭 2024-12-25 06:30:15

这可能也适合您:

sed '/TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA/=;d' 101127_2.bam

sed -n '/TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA/=' 101127_2.bam

上述解决方案仅输出匹配的行号,以查看也匹配的行:

sed '/TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA/!d;=' 101127_2.bam

sed -n '/TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA/{=;p}' 101127_2.bam

This might work for you too:

sed '/TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA/=;d' 101127_2.bam

or

sed -n '/TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA/=' 101127_2.bam

The above solutions only output the matching line numbers, to see the lines matched too:

sed '/TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA/!d;=' 101127_2.bam

or

sed -n '/TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA/{=;p}' 101127_2.bam
~没有更多了~
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