使用 Igraph 库确定介数中心性

Question

我是一个非常非常平庸的程序员，但我仍然致力于使用 igraph python 库来确定用户在给定论坛中的中心地位，以预测他以后对该论坛的贡献。

我联系了其他人，他们使用 NetworkX 库做了类似的事情，但考虑到当前的大小论坛上，计算精确的中心性指数几乎是不可能的——它只是需要太多的时间。

但这是他的代码：

import networkx as netx
import sys, csv

if len(sys.argv) is not 2:
   print 'Please specify an input graph.'
   sys.exit(1)

ingraph = sys.argv[1]
graph = netx.readwrite.gpickle.read_gpickle(ingraph)

num_nodes = len(graph.nodes())
print '%s nodes found in input graph.' % num_nodes
print 'Recording data in centrality.csv'

# Calculate all of the betweenness measures
betweenness = netx.algorithms.centrality.betweenness_centrality(graph)
print 'Betweenness computations complete.'
closeness = netx.algorithms.centrality.closeness_centrality(graph)
print 'Closeness computations complete.'

outcsv = csv.writer(open('centrality.csv', 'wb'))

for node in graph.nodes():
   outcsv.writerow([node, betweenness[node], closeness[node]])

print 'Complete!'

我尝试用 igraph 库编写类似的东西（它允许快速估计而不是精确计算），但我似乎无法将数据写入 CSV 文件。

我的代码：

import igraph
import sys, csv

from igraph import *

graph = Graph.Read_Pajek("C:\karate.net")

print igraph.summary(graph)

estimate = graph.betweenness(vertices=None, directed=True, cutoff=2)
print 'Betweenness computation complete.'

outcsv = csv.writer(open('estimate.csv', 'wb'))

for v in graph.vs():
   outcsv.writerow([v, estimate[vs]])

print 'Complete!'

我在 igraph 文档中找不到如何调用单个顶点（或 NetworkX 术语中的节点），因此这就是我收到错误消息的地方。也许我还忘记了其他事情；我可能是一个太糟糕的程序员而无法注意到：P

我做错了什么？

Answer 1

因此，为了清楚起见，以下内容最终被证明可以解决问题：

import igraph
import sys, csv

from igraph import *
from itertools import izip

graph = Graph.Read_GML("C:\stack.gml")

print igraph.summary(graph)

my_id_to_igraph_id = dict((v, k) for k, v in enumerate(graph.vs["id"]))

estimate = graph.betweenness(directed=True, cutoff=16)
print 'Betweenness computation complete.'

print graph.vertex_attributes()

outcsv = csv.writer(open('estimate17.csv', 'wb'))

outcsv.writerows(izip(graph.vs["id"], estimate))

print 'Complete!'

Answer 2

正如您已经注意到的，igraph 中的各个顶点是使用图形对象的 vs 属性来访问的。 vs 的行为类似于列表，因此迭代它会产生图的顶点。每个顶点都由 Vertex 类的一个实例表示，顶点的 index 由其 index 属性给出。 （请注意，igraph 对顶点和边都使用连续的数字索引，因此这就是您需要 index 属性并且不能直接使用原始顶点名称的原因）。

我认为您需要的是最初存储在输入文件中的顶点的名称。名称存储在 name 或 id 顶点属性中（取决于您的输入格式），因此您需要的可能是这样的：

for v in graph.vs:
    outcsv.writerow([v["name"], estimate[v.index]])

请注意，顶点属性是通过索引顶点来访问的对象就好像它是一本字典一样。另一种方法是直接使用 vs 对象作为字典；这将为您提供一个列表，其中包含所有顶点的给定顶点属性的值。例如：

from itertools import izip

for name, est in izip(graph.vs["name"], estimate):
    outcsv.writerow([name, est])

使用生成器表达式的更快版本：

outcsv.writerows(izip(graph.vs["name"], estimate))