编译和安装 cantera python 模块时遇到问题

Question

我正在尝试在 Ubuntu linux 中将 Cantera 作为 python 模块安装。作为参考，我使用了以下说明： 安装 Cantera。运行 ./preconfig 和 make 后，出现以下错误：

fatal error: numarray/arrayobject.h: No such file or directory

根据 preconfig 文件，

# If numpy was installed using the --home option, set this to the
# home directory for numpy. This will be needed for all numpy installations
# that don't put the include files into python's native include directory.
#NUMPY_HOME=${NUMPY_HOME:="$HOME/python_packages"}

我使用的是学生版 Enthought Python Distribution 所以我想也许我需要将最后一行更改为：

NUMPY_HOME=${NUMPY_HOME:="/usr/local/EPD/lib/python2.7/site-packages/"}

但这不起作用。我仍然遇到同样的错误。想法？我已经安装了 python-dev 来修复早期的错误，所以不是这样。

Answer 1

您的 Ubuntu 机器上可能有多个 Python 发行版。在
为了使用 EPD 安装 Cantera 您应该明确告诉它
使用哪个发行版：

PYTHON_CMD=${PYTHON_CMD:="/usr/local/EPD/bin/python"}

每个发行版都有自己的 site-packages 目录，因此
指定 PYTHON_CMD 您还可以指定要使用的site-packages。
安装 Numpy 时，它还会安装 Numarray 的接口
site-packages/numpy/core/include/numpy，所以不需要
下载Numarray。此外，numpy 已安装到 site-packages
EPD 目录，因此 NUMPY_HOME （仅当 numpy
未安装在默认目录中）应保持原样。希望
这有帮助。

Answer 2

我找到了解决方法。按照 我之前遵循了这些说明，我让它工作了。不同的是，上次我下载了 tar.gz 文件，而这次我使用了 subversion 存储库，我猜它可能更新得更多。无论如何，它有效，而且我也不需要更改默认的 python 命令。

编辑：我确实需要将其从默认值更改为：

PYTHON_CMD=${PYTHON_CMD:="/usr/local/EPD/bin/python"}

我想最好也发布说明，以便其他用户可以在此处使用它们：

第一步是安装所有依赖项。这是由 apt-get 处理的：
sudo apt-get install subversion g++ gfortran python2.6-dev python-numpy libsundials* graphviz

下一步是获取 cantera 的源代码。这可以通过从 cantera 网站下载 cantera-1.8.0-beta-tar.gz 并从 svn 检查最新版本来完成
svn checkout http://cantera.googlecode.com/svn/cantera18/trunk/坎特拉

更改为 cantera 目录（svn checkout 或解压/gunzipped cantera-1.8.0）

编辑名为 preconfig 的文件，并通过注释/编辑确保包含以下行

PYTHON_PACKAGE=${PYTHON_PACKAGE:="完整"}

USE_NUMPY=${USE_NUMPY:="y"}

SUNDIALS_VERSION=${SUNDIALS_VERSION:='2.3'}

Then in a terminal run the following commands:
./preconfig
make
sudo make install
source ~/setup_cantera
If every thing went well you should be able to import the Cantera module in python:
python
>>>from Cantera import *

Answer 3

我们从来没有通过在 pre_config 中设置 include 变量来让它工作。相反，我们这样做：

...
USE_NUMPY=${USE_NUMPY:="y"}

if [ "$USE_NUMPY" = "y" ]; then
    export NUMPY_INC_DIR=`python -c 'import numpy; print numpy.get_include()'`
fi

自从我们开始包含这一点以来，没有遇到任何问题。