多个不匹配的 [点 (.)] 搜索模式

Question

多个不匹配的语法是什么，即。 Perl 中的点运算符 (.)？ 我需要将 DNA 序列与目标序列进行匹配，允许 3 个不匹配。 其语法是什么？

例如，设DNA序列ATGC，目标序列为ATGAGCA。匹配后，我的结果应该如下所示：

position no :          pattern
  1                    A...
  1                    .T..
  1                    ..G.
  3                    ..G.
  3                    ...C
  4                    A...

Answer 1

对于您在模式中显示的内容，您需要 .{3}​​ 来表示“最多 3”个匹配项，您需要 .{,3}，其中 {< /code>n,m} 是一个“量词”，指定至少 n 匹配，但不超过 m。如果省略数字，则默认为 0 或无限制。

要将 ATGC 与 ATGAGCA 匹配，我想您可能需要 /(?:A[^T]{,3}T[^G]{,3} G[^C]{,3}C)+/ 并且由于这是非常规则的，因此您可以这样编写此表达式：

sub make_match_regex { 
    my ( $fc, @ch ) = split //, shift;
    my $cat = join( '', $fc, map { "[^$_]{,3}$_" } @chars );
    return qr/(?:$cat)+/;
}

Answer 2

检查此代码

use warnings;
use strict;

my $DNA_seq = "ATGC";
my $target_sequence = "ATGAGCA";

my  @tseq = split(//,$target_sequence);
print "position pattern\n";

#4 is the length of the DNA sequence
for(my $i=0; $i<=@tseq-4;$i++) {
  my $str = join('',@tseq[$i..$i+3]);
  foreach my $pattern qw(A... .T.. ..G. ...C) {
    if($str =~ /$pattern/) {
      my $position = $i+1;
      print "$position $pattern\n";
    }
  }
}

输出是

position pattern
1 A...
1 .T..
1 ..G.
3 ..G.
3 ...C
4 A...