将混合模型公式从 SAS 转换为 R

Question

我想在 R 中使用 nlme 包来拟合混合模型，这相当于以下 SAS 代码：

proc mixed data = one;
class var1 var2  year loc rep;
model yld = var1 * var2;
random loc year(loc) rep*year(loc);

编辑：解释关于 var1 和 var2 的相同组合的实验

在重复中进行测试（重复重复编号为 1:3）。重复 (rep) 被认为是随机的。这组实验在地点 (loc) 和年份 (year) 上重复进行。虽然重复在每个位置和年份内编号为 1:3，因为它们没有任何名称，但在一个位置和年份内的复制 1 没有相关性 在其他位置和其他年份内的复制 1

我尝试了以下代码：

 require(nlme) 
    fm1 <- lme(yld ~ var1*var2, data = one, random = loc + year / loc + rep * year / loc)  

是我的代码正确的？

编辑：基于建议的数据和模型 您可以从以下链接下载示例数据文件： https://sites.google.com/site/johndatastuff/mydata1.csv

data$var1 <- as.factor(data$var1)
data$var2 <- as.factor(data$var2)
data$year <- as.factor(data$year)
data$loc <- as.factor(data$loc)
data$rep <- as.factor(data$rep)

following suggestions from the comments below:
fm1 <- lme(yld ~ var1*var2, data = data, random = ~ loc + year / loc + rep * year / loc)

Error in getGroups.data.frame(dataMix, groups) : 
  Invalid formula for groups

基于 SAS 输出的预期

Type 3 tests of fixed effects 
var1*var2         14         238       F value 16.12 Pr >F = < 0.0001

Covariance parameters:
loc = 0, year(loc) = 922161, year*rep(loc) = 2077492, residual = 1109238 

我尝试了以下模型，但仍然出现一些错误：

Edits: Just for information I tried the following model
require(lme4)  
 fm1 <- lmer(yld ~ var1*var2 + (1|loc) +  (1|year / loc) + (1|rep : (year / loc)),  
            data = data)  
Error in rep:`:` : NA/NaN argument 
In addition: Warning message: 
In rep:`:` : numerical expression has 270 elements: only the first used

Answer 1

感谢您提供更详细的信息。我将数据存储在d中，以避免与data函数和参数混淆；这些命令可以以任何方式工作，但这种避免数据通常被认为是良好的做法。

请注意，由于 var 和 var2 之间缺乏平衡，交互很难适应；供参考的是交叉表：

> xtabs(~var1 + var2, data=d)
    var2
var1  1  2  3  4  5
   1 18 18 18 18 18
   2  0 18 18 18 18
   3  0  0 18 18 18
   4  0  0  0 18 18
   5  0  0  0  0 18

通常为了适合交互（并且没有主要效果），您会使用 : 而不是 *，但在这里最好制作一个因子，如下所示：

d$var12 <- factor(paste(d$var1, d$var2, sep=""))

然后使用 nlme，尝试

fm1 <- lme(yld ~ var12, random = ~ 1 | loc/year/rep, data = d)
anova(fm1)

使用 lme4，尝试

fm1 <- lmer(yld ~ var12 + (1 | loc/year/rep), data=d)
anova(fm1)

另请注意，因为 nlme 和 lme4它们的函数名称有重叠，您只需加载R 会话中一次一次；要切换，您需要关闭 R 并重新启动。 （还存在其他方法，但这是最容易解释的方法。）