如何在 Bash 中按自然顺序循环文件？

Question

我使用以下命令循环遍历目录中的所有文件：

for i in *.fas; do some_code; done;

但是，我按此顺序

vvchr1.fas  
vvchr10.fas  
vvchr11.fas
vvchr2.fas
...

而不是

vvchr1.fas
vvchr2.fas
vvchr3.fas
...

自然顺序获取它们。

我尝试过排序命令，但无济于事。

Answer 1

readarray -d '' entries < <(printf '%s\0' *.fas | sort -zV)
for entry in "${entries[@]}"; do
  # do something with $entry
done

其中 printf '%s\0' *.fas 生成一个 NUL 分隔的目录条目列表，扩展名为 .fas，并且 sort -zV按自然顺序对它们进行排序。

请注意，您需要安装 GNU sort 才能使其工作。

Answer 2

使用选项sort -g，它根据一般数值

 for FILE in `ls ./raw/ | sort -g`; do echo "$FILE"; done

0.log 进行比较
1.日志
2.日志
...
10.日志
11.log

仅当文件名是数字时这才有效。如果它们是字符串，您将按字母顺序获得它们。例如：

 for FILE in `ls ./raw/* | sort -g`; do echo "$FILE"; done

raw/0.log
原始/10.log
原始/11.log
...
原始/2.log

Answer 3

您将获得按 ASCII 顺序排列的文件。这意味着 vvchr10* 位于 vvchr2* 之前。我意识到你无法重命名你的文件（我的生物信息学家的大脑告诉我它们包含染色体数据，而且我们根本不将 1 号染色体称为“chr01”），所以这是另一个解决方案（不使用 sort -V 我在我使用的任何操作系统上都找不到）：

ls *.fas | sed 's/^\([^0-9]*\)\([0-9]*\)/\1 \2/' | sort -k2,2n | tr -d ' ' |
while read filename; do
  # do work with $filename
done

这有点复杂，不适用于包含空格的文件名。

另一个解决方案：假设我们想按大小顺序迭代文件，这可能更适合某些生物信息学任务：

du *.fas | sort -k2,2n |
while read filesize filename; do
  # do work with $filename
done

要反转排序，只需在 -k2 之后添加 r ,2n（获取-k2,2nr）。

Answer 4

您的意思是，列表中编号为 10 的文件位于编号为 3 的文件之前？那是因为 ls 对结果的排序非常简单，因此 something-10.whatever 比 something-3.whatever小 >。

一种解决方案是重命名所有文件，使它们具有相同的位数（其中包含个位数的文件以 0 开头）。

Answer 5

while IFS= read -r file ; do
    ls -l "$file" # or whatever
done < <(find . -name '*.fas' 2>/dev/null | sed -r -e 's/([0-9]+)/ \1/' | sort -k 2 -n | sed -e 's/ //;')

解决了问题，假设文件命名保持一致，不依赖于最新版本的 GNU sort，不依赖于读取 ls 的输出，并且不依赖不要成为管道到时间问题的受害者。

Answer 6

就像@Kusalananda的解决方案（也许更容易记住？），但适合所有文件（？）：

array=("$(ls |sed 's/[^0-9]*\([0-9]*\)\..*/\1 &/'| sort -n | sed 's/^[^ ]* //')")
for x in "${array[@]}";do echo "$x";done

本质上添加排序键，排序，删除排序键。

编辑：将评论移至适当的解决方案

Answer 7

使用 sort -rh 和 while 循环

du -sh * | sort -rh | grep -P "avi$" |awk '{print $2}' | while read f; do fp=`pwd`/$f; echo $fp; done;