setup.py 用于同时依赖 cython 和 f2py 的包

Question

我想为 python 包创建一个 setup.py 脚本，其中包含几个依赖于 cython 和 f2py 的子模块。我尝试使用 setuptools 和 numpy.distutils，但到目前为止都失败了：

使用 setuptools，

我可以使用 setuptools 编译我的 cython 扩展（并为包的其余部分创建安装）。但是，我无法弄清楚如何使用 setuptools 生成 f2py 扩展。经过广泛的搜索，我只发现了相当旧的像这样的消息，其中指出f2py 模块必须使用 numpy.distutils 进行编译。

使用 numpy.distutils

我可以使用 numpy.distutils 编译我的 f2py 扩展（并为包的其余部分创建安装）。然而，我无法弄清楚如何让 numpy.distutils 编译我的 cython 扩展，因为它最近总是尝试使用 Pyrex 来编译它（并且我正在使用特定于 cython 的扩展）。我已经进行了搜索以找出如何获取 cython 文件的 numpy.distutils 并且 - 至少一年前 - 他们建议应用 numpy.distutils 的猴子补丁。似乎应用这样的猴子补丁也限制了可以传递给 Cython 的选项。

我的问题是：为依赖 f2py 和 cython 的包编写 setup.py 脚本的推荐方法是什么？对 numpy.distutils 应用补丁真的是正确的方法吗？

Answer 1

您可以在 setup.py 中单独调用每个函数，如下所示
http://answerpot.com/showthread.php?601643-cython%20and%20f2py

# Cython extension
from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext

setup(
  ext_modules = [Extension( 'cext', ['cext.pyx'] )],
  cmdclass = {'build_ext': build_ext},
  script_args = ['build_ext', '--inplace'],
)

# Fortran extension
from numpy.distutils.core import setup, Extension
setup(
  ext_modules = [Extension( 'fext', ['fext.f90'] )],
)

你的调用上下文（我认为他们调用这个命名空间，不确定）
必须更改当前对象的扩展名和功能
setup() 是。

第一个 setup() 调用是 distutils.extension.Extension
和 distutils.core.setup()

第二个 setup() 调用，它是 numpy.distutils.core.Extension
和 numpy.distutils.core.setup()

Answer 2

事实证明这不再是真的。使用 setuptools 和 distutils（至少是 numpy 版本），可以使用 C、Cython 和 f2py 进行扩展。唯一需要注意的是，要编译 f2py 模块，必须始终对 setup 和 Extension 函数使用 numpy.distutils。但是 setuptools 仍然可以用于安装（例如，允许使用 python setup.pydevelop 安装开发人员版本）。

要专门使用 distutils，请使用以下命令：

from numpy.distutils.core import setup
from numpy.distutils.extension import Extension

要使用 setuptools，您需要在 distutils 导入之前导入它：

import setuptools

然后是其余的代码是相同的：

from numpy import get_include
from Cython.Build import cythonize

NAME = 'my_package'
NUMPY_INC = get_include()
extensions = [
    Extension(name=NAME + ".my_cython_ext", 
              include_dirs=[NUMPY_INC, "my_c_dir"]
              sources=["my_cython_ext.pyx", "my_c_dir/my_ext_c_file.c"]),
    Extension(name=NAME + ".my_f2py_ext", 
              sources=["my_f2py_ext.f"]),
]
extensions = cythonize(extensions)
setup(..., ext_modules=extensions)

显然，您需要将所有其他内容放入 setup() 调用中。在上面，我假设您将 numpy 与 Cython 一起使用，以及位于 my_c_dir/ 的外部 C 文件 (my_ext_c_file.c)，并且 < code>f2py 模块只是一个 Fortran 文件。根据需要进行调整。