如何在 R 中重命名具有特定模式的文件？

Question

有一些 .fcs 文件data.000X 格式（其中 X = 1, 2, 3...）在目录中。

我想将每个 n 文件重命名为以下格式：exp.fcs（其中 exp 是来自向量的文本）如果文件重命名为 .fcs 文件。

换句话说：我想将文件重命名为exp.txt，其中<​​em>exp是一个文本，而不是连续的字母，即F、cA、K等。

例如，从：

data.0001, data.0002, data.0003, data.0004, data.0005, data.0006...  

到

textF_a.fcs, textF_b.fcs, textF_c.fcs, textVv_a.fcs, textVv_b.fcs, textVv_c.fcs ...  

我尝试使用 文件.重命名(来自, to) 但失败了，因为参数的长度不同（而且我不知道这意味着什么）：

a <- list.files(path = ".", pattern = "data.*$")  
b <- paste("data", 1:1180, ".fcs", sep = "")  
file.rename(a, b)

Answer 1

根据您的评论，一个问题是您的第一个文件未命名为“data.001” - 它名为“data.1”。使用这个：

b <- sprintf("data%.4d.fcs", seq(a)) 

它会在索引 << 之前添加最多 3 个 0（因为看起来您有 1000 多个文件，这可能会更好）。 1000，以便所有名称具有相同的宽度。如果您确实只想查看“data.001”之类的内容，请在命令中使用 %.3d 。

Answer 2

您的代码在我的机器上“有效”（“有效”是指当我创建一组文件并遵循您的过程时，重命名正确发生）。该错误可能是因为您拥有的文件数量 (length(a)) 与您指定的新名称数量 (length(b)) 不同。如果事实证明这些对象确实具有相同的长度，请发回。

Answer 3

与此处的（非常相似）问题一样，这个功能可能对你有用。我编写它是为了允许在 R 中进行正则表达式查找和替换。如果您使用的是 Mac，它可以检测并使用最前面的 Finder 窗口作为目标。还支持测试运行、覆盖控制和过滤大文件夹。

umxRenameFile <- function(baseFolder = "Finder", findStr = NA, replaceStr = NA, listPattern = NA, test = T, overwrite = F) {
    # uppercase = u$1
    if(baseFolder == "Finder"){
        baseFolder = system(intern = T, "osascript -e 'tell application \"Finder\" to get the POSIX path of (target of front window as alias)'")
        message("Using front-most Finder window:", baseFolder)
    } else if(baseFolder == "") {
        baseFolder = paste(dirname(file.choose(new = FALSE)), "/", sep = "") ## choose a directory
        message("Using selected folder:", baseFolder)
    }
    if(is.na(listPattern)){
        listPattern = findStr
    }
    a = list.files(baseFolder, pattern = listPattern)
    message("found ", length(a), " possible files")
    changed = 0
    for (fn in a) {
        findB = grepl(pattern = findStr, fn) # returns 1 if found
        if(findB){
            fnew = gsub(findStr, replace = replaceStr, fn) # replace all instances
            if(test){
                message("would change ", fn, " to ", fnew)  
            } else {
                if((!overwrite) & file.exists(paste(baseFolder, fnew, sep = ""))){
                    message("renaming ", fn, "to", fnew, "failed as already exists. To overwrite set T")
                } else {
                    file.rename(paste(baseFolder, fn, sep = ""), paste(baseFolder, fnew, sep = ""))
                    changed = changed + 1;
                }
            }
        }else{
            if(test){
                # message(paste("bad file",fn))
            }
        }
    }
    message("changed ", changed)
}