R 中方差分析箱线图的事后标签

Question

如果我有一些数据并进行方差分析和事后测试，如何制作自动添加事后分类的箱线图，而不必在 R 之外编辑图形？

例如，这里有一些可以开始的数据：

install.packages("reshape", dependencies=T)
library(reshape)

x <- rnorm(30)
y <- rnorm(30)+1
z <- rnorm(30)+0.5

data.1 <- data.frame(x, y, z)
data.2 <- melt(data.1)

这是运行简单单向方差分析和所有计划外比较事后测试的代码：

linear.model <- lm(value~variable, data=data.2)
anova(linear.model)

# Analysis of Variance Table
# Response: value
#           Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)   
# variable   2 10.942  5.4710  5.8628 0.004087 **
# Residuals 87 81.185  0.9332     

TukeyHSD(aov(linear.model))

# Tukey multiple comparisons of means
# 95% family-wise confidence level
# Fit: aov(formula = linear.model)
# $variable
          # diff        lwr        upr     p adj
# y-x  0.8344105  0.2396705 1.42915051 0.0034468
# z-x  0.2593612 -0.3353788 0.85410126 0.5539050
# z-y -0.5750493 -1.1697893 0.01969078 0.0602975

此时，我想将 x 分类为组“a”，y 分类为组“ b”和 z 在组“a，b”中。我可以制作箱线图，但是如何用字母对其进行注释？

boxplot(value~variable, data=data.2)

Answer 1

如果您不介意使用 ggplot2 包，以下是我制作图形的方法：

首先，使用文本标签向数据框 (data.2) 添加一列：

data.2$posthoc[data.2$variable == "x"] <- "a"
data.2$posthoc[data.2$variable == "y"] <- "b"
data.2$posthoc[data.2$variable == "z"] <- "a,b"

安装并加载 ggplot2 包：

install.packages("ggplot2", dependencies=T)
library(ggplot2)

了解以下代码：该图，我将逐步构建它。首先绘制三组中每组的均值：

qplot(data=data.2,
    x = variable,
    y = value,
    stat = "summary",
    fun.y = "mean",
    geom = c("point")
    )

接下来，添加文本标签：

qplot(data=data.2,
    x = variable,
    y = value,
    stat = "summary",
    fun.y = "mean",
    label = posthoc,
    vjust = -12,
    geom = c("point", "text")
    )

最后，添加箱线图几何图形并稍微清理一下：

qplot(data=data.2,
    x = variable,
    y = value,
    stat = "summary",
    fun.y = "mean",
    label = posthoc,
    vjust = -12,
    ylim = c(-1, 3.5),
    geom = c("point", "text"),
    main="ggplot2 ANOVA boxplot"
    ) + 
    geom_boxplot(aes(fill=posthoc)) + 
    theme_bw()

Answer 2

这会更简单

library(reshape)

x <- rnorm(30)
y <- rnorm(30)+1
z <- rnorm(30)+0.5

data.1 <- data.frame(x, y, z)
data.2 <- melt(data.1)
data.2$newgroup = factor(data.2$variable,labels=c("a","b","ab")) # only line added
boxplot(value~newgroup, data=data.2)