PythonMagick JPEG2000 数据提取

Question

我正在开发一个应用程序，该应用程序（除其他外）需要读取卫星图像（每个图像只有一个波段）并处理像素数据。

格式是 JPEG-2000，因此我无法使用 PIL 库（它简化了一切）。我找到了PythonMagick库，我可以完美地读取图像并提取像素的值。但只针对一个像素！

im=PythonMagick.Image(dirimage)      # (This is very slow....)
a=im.pixelColor(j-1,i-1).intensity() # the value intensity is extracted for one pixel
a=a/int(XML_var[37][2])              # the reflectance values are normalised to the range [0,1]

因此，我需要一个 for 循环来获取所有像素值（图像非常大）。 我尝试使用 Blob 函数来获取数据，但它崩溃了。

还有更好的选择吗？如何快速获取JPEG2000图像的像素数据并将其保存到数组中？

Answer 1

使用 Blob 应该可以：

import numpy
from PythonMagick import Image, Blob

i = Image('http://www.microimages.com/gallery/jp2/potholes2.jp2')
b = Blob()
i.write(b, 'GRAY')
a = numpy.fromstring(b.data, 'uint8').reshape((i.rows(), i.columns()))

Answer 2

你给我的答案很好，完美地提取了像素信息（将 uint8 更改为 uint16）。然而，我得到的值比真实值要高。存在偏移，并且由于 JPEG2000 中的 LOSSY 压缩，该值存在 1 或 2 的小误差。

我不喜欢使用外部调用，但在这种情况下，我发现这是一个更好、更快的解决方案：

我下载了 Kakadu（用于非商业目的的免费软件）并使用模块 kdu_expand。

os.system('kdu_expand -i image.jp2 -o temp_image.tif')

im=PIL.Image.open('temp_image.tif')

像素=数组(im.getdata()).reshape((im.size[ 0], im.size[1]))

我将图像从 JPEG2000 转换为 TIF，但速度很快，而且静态内存通常不是计算机中的限制（现在）。然后，PIL 库完美地提取了数据。

注意：我直接使用 PythonMagick 尝试了转换，但它给了我与之前相同的偏移量

注 2：我在 OpenCV 中发现了另一个有趣的库，但结果不正确

Pixels_cv2=cv2.imread('image.jp2',0)

注 3：我使用的图像是用 12 位编码的卫星图像。可能在其他类型的数据中，PythonMagick 表现得更好。

Answer 3

我下载了 Kakadu（用于非商业目的的免费软件）并且我
使用模块 kdu_expand。

os.system('kdu_expand -i image.jp2 -o temp_image.tif')

对于运行 Kakadu (KDU) 演示的人来说，有一点偏离主题的评论。想补充一点，如果运行 kdu_expand，如上所述： os.system('kdu_expand -i image.jp2 -o temp_image.tif') 这会给你一个错误：

dyld: Library not loaded: /usr/local/lib/libkdu_v78R.dylib
  Referenced from: /usr/local/bin/kdu_expand
  Reason: no suitable image found.  Did find:
    /usr/local/lib/libkdu_v78R.dylib: open() failed with errno=13
    /usr/local/lib/libkdu_v78R.dylib: open() failed with errno=13
Trace/BPT trap: 5

检查 libkdu_v78R.dylib 的权限并将其更改为 644 或666，或具有读/写访问权限的东西。