从具有多个相似值和键的文件构建 Python 字典

Question

我对 python 很陌生（一般来说对编码也很熟悉），我正在尝试使用它来分析工作中的一些数据。我有一个这样的文件：

    HWI-ST591_0064:5:1101:1228:2111#0/1 +   7included   11  A>G -   -
    HWI-ST591_0064:5:1101:1205:2125#0/1 +   genomic 17  A>G -   -
    HWI-ST591_0064:5:1101:1178:2129#0/1 +   7included   6   A>C 8   A>T
    HWI-ST591_0064:5:1101:1176:2164#0/1 +   7included   6   A>T 8   A>G
    HWI-ST591_0064:5:1101:1199:2234#0/1 +   7included   14  T>C 21  G>A
    HWI-ST591_0064:5:1101:1208:2249#0/1 +   7included   32  C>T -   -

制表符分隔。我正在尝试创建一个字典，其中包含该行的第一个值（唯一标识符）作为与连接的最后 4 个值作为键匹配的值列表，如下所示：

     {'32C>T--': ['HWI-ST591_0064:5:1101:1208:2249#0/1'], 
    '6A>C8A>C': ['HWI-ST591_0064:5:1101:1318:2090#0/1'], 
    '36A>G--': ['HWI-ST591_0064:5:1101:1425:2093#0/1'], 
     '----': ['HWI-ST591_0064:5:1101:1222:2225#0/1'], 
    '6A>C8A>T': ['HWI-ST591_0064:5:1101:1178:2129#0/1','HWIST591_0064:5:1101:1176:2164#0/1']}

这样我就可以获得唯一的列表识别、计数、排序或做我需要做的其他事情。我可以制作字典，但是当我尝试将其输出到文件时出现错误。我认为问题是因为这是一个列表，我不断收到错误

文件“Trial.py”，第 33 行， outFile.write("%s\t%s\n" % ('\t' .join(key, mutReadDict[key]))) TypeError: unhashable type: 'list'

有没有办法让它工作，这样我就可以把它放在一个文件中？我在 for 循环中尝试了 .iteritems() 来制作字典，但这似乎不起作用。谢谢，这是我的代码：

inFile = open('path', 'rU')
outFile = open('path', 'w')

from collections import defaultdict

mutReadDict = defaultdict(list)

 for line in inFile:
entry               = line.strip('\n').split('\t')
fastQ_ID            = entry[0]
strand              = entry[1]
chromosome          = entry[2]
mut1pos             = entry[3]
mut1base            = entry[4]
mut2pos             = entry[5]
mut2base            = entry[6]

mutKey = mut1pos + mut1base + mut2pos + mut2base

if chromosome == '7included':
    mutReadDict[mutKey].append(fastQ_ID)
else:
    pass

keyList = [mutReadDict.keys()]
keyList.sort()

for key in keyList:
outFile.write("%s\t%s\n" % ('\t' .join(key, mutReadDict[key])))

outFile.close()

Answer 1

我想你想要：

keyList = mutReadDict.keys()

而不是

keyList = [mutReadDict.keys()]

你可能也是这个意思：

for key in keyList:
    outFile.write("%s\t%s\n" % (key, '\t'.join(mutReadDict[key])))