awk 命令中的两个变量

Question

基本上我想根据染色体编号（chr1，chr2，chr3 ...）拆分lib1.vh。 但似乎在 awk 命令中有两个变量，并且它不起作用..

请参见下文：

cd /home/xug/scratch/mrfast/NA12891/
CHROM_NAME=`head -$c list_chr|tail -1`

cat lib1.vh|awk '{if ($2==$CHROM_NAME) print}'

那我该怎么办？谢谢

大家好： 我就是这样做的，而且有效！

cat lib1.vh|awk -v src=$CHROM_NAME '{if ($2==src) print}' > lib1_$CHROM_NAME.vh

Answer 1

CHROM_NAME 是一个 shell 变量，但 '单引号字符串' 不会得到 shell 变量替换。

也许你的意思是：

cd /home/xug/scratch/mrfast/NA12891/
CHROM_NAME=`head -$c list_chr|tail -1`

cat lib1.vh|awk "{if (\$2==$CHROM_NAME) print}"

Answer 2

环境变量显示为 ENVIRON 关联数组的元素。而不是：

$CHROM_NAME

你想要：

ENVIRON["CHROM_NAME"]