ggplot 热图图例不代表负数

发布于 2024-12-06 18:59:44 字数 722 浏览 0 评论 0原文

我正在尝试为包含负数的数据集制作热图：

Ne      BR         Error  
10000   0.00001    1.62  
10000   0.000001  -1.03  
10000   0.0000001 -0.124  
100000  0.00001   36.73  
100000  0.000001   5.86  
100000  0.0000001 -0.79  
1000000 0.00001   -8.335  
1000000 0.000001  39.465  
1000000 0.0000001  2.59

我使用了以下代码：

library(ggplot2)  
data = read.csv('full_path')  
(p <- ggplot(data[1:9,], aes(Ne, BR)) +
  geom_tile(aes(fill=Error), colour="white") + 
  scale_fill_gradient(low="white", high="black") + scale_x_log('Ne') +    
  scale_y_log('Birth Rate') + opts(axis.ticks = theme_blank()))

这会生成一个很好的热图，但图例不考虑负数。颜色似乎正确反映了负值，但图例停在零处，即浅灰色。如何从中获取涵盖数据框“错误”列中全部数据的图例？

原文

I'm trying to make a heat map for a data set that includes negative numbers:

Ne      BR         Error  
10000   0.00001    1.62  
10000   0.000001  -1.03  
10000   0.0000001 -0.124  
100000  0.00001   36.73  
100000  0.000001   5.86  
100000  0.0000001 -0.79  
1000000 0.00001   -8.335  
1000000 0.000001  39.465  
1000000 0.0000001  2.59

I've used this code:

library(ggplot2)  
data = read.csv('full_path')  
(p <- ggplot(data[1:9,], aes(Ne, BR)) +
  geom_tile(aes(fill=Error), colour="white") + 
  scale_fill_gradient(low="white", high="black") + scale_x_log('Ne') +    
  scale_y_log('Birth Rate') + opts(axis.ticks = theme_blank()))

This produces a fine heatmap, but the legend doesn't account for the negative numbers. The colors appear to correctly reflect the negative values, but the legend stops at zero, which is light grey. How can I get a legend out of this that covers the full range of the data in the 'Error' column of my dataframe?

分享到QQ

分享到微博

如果你对这篇内容有疑问，欢迎到本站社区发帖提问参与讨论，获取更多帮助，或者扫码二维码加入 Web 技术交流群。

发布评论

需要登录才能够评论，你可以免费注册一个本站的账号。

甲如呢乙后呢 2024-12-13 18:59:44

试试这个：

ggplot(dat, aes(Ne, BR)) +
  geom_tile(aes(fill=Error), colour="white") + 
  scale_fill_gradient(low="white", high="black",breaks = seq(min(dat$Error),max(dat$Error),length.out = 5)) + scale_x_log('Ne') +    
  scale_y_log('Birth Rate') + opts(axis.ticks = theme_blank())

ggplot 只是试图为您选择比例中的“好的”中断，类似于选择轴刻度线的方式。（我将您的数据框名称更改为 dat，因为 data 是 R 中常用的函数。这不是什么大问题，但可以避免混淆。）

在此处输入图像描述

Try this:

ggplot(dat, aes(Ne, BR)) +
  geom_tile(aes(fill=Error), colour="white") + 
  scale_fill_gradient(low="white", high="black",breaks = seq(min(dat$Error),max(dat$Error),length.out = 5)) + scale_x_log('Ne') +    
  scale_y_log('Birth Rate') + opts(axis.ticks = theme_blank())

ggplot is just trying to pick 'nice' breaks in the scale for you, similarly to how axis tick marks are chosen. (I changed your data frame name to dat, as data is a commonly used function in R. It's not a huge deal, but it avoids confusion.)

enter image description here

回复收藏 0 原文

~没有更多了~