Python 和 libstdc 的动态库问题++

Question

执行摘要：Python 模块链接到与 Python 可执行文件不同的 libstdc++.dylib 版本。结果是模块中对 iostream 的调用崩溃。

背景故事

我正在一台旧计算机（运行 10.5.8）上使用 SWIG 创建一个 Python 模块。由于各种原因，我使用 GCC 4.5（通过 MacPorts 安装）来执行此操作，并使用 Python 2.7（通过 MacPorts 安装，使用系统默认的 GCC 4.0.1 编译）。

观察到的行为

长话短说：在 Python 中调用 str( myObject ) 会导致 C++ 代码依次调用 std::operator<< ; >。这会生成以下错误：

Python(487) malloc: *** error for object 0x69548c: Non-aligned pointer being freed
*** set a breakpoint in malloc_error_break to debug

设置断点并在失败时调用 backtrace 给出：

#0  0x9734de68 in malloc_error_break ()
#1  0x97348ad0 in szone_error ()
#2  0x97e6fdfc in std::string::_Rep::_M_destroy ()
#3  0x97e71388 in std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >::~basic_string ()
#4  0x97e6b748 in std::basic_stringbuf<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >::overflow ()
#5  0x97e6e7a0 in std::basic_streambuf<char, std::char_traits<char> >::xsputn ()
#6  0x00641638 in std::__ostream_insert<char, std::char_traits<char> > ()
#7  0x006418d0 in std::operator<< <std::char_traits<char> > ()
#8  0x01083058 in meshLib::operator<< <tranSupport::Dimension<(unsigned short)1> > (os=@0xbfffc628, c=@0x5a3c50) at /Users/sethrj/_code/pytrt/meshlib/oned/Cell.cpp:21
#9  0x01008b14 in meshLib_Cell_Sl_tranSupport_Dimension_Sl_1u_Sg__Sg____str__ (self=0x5a3c50) at /Users/sethrj/_code/_build/pytrt-gcc45DEBUG/meshlib/swig/mesh_onedPYTHON_wrap.cxx:4439
#10 0x0101d150 in _wrap_Cell_T___str__ (args=0x17eb470) at /Users/sethrj/_code/_build/pytrt-gcc45DEBUG/meshlib/swig/mesh_onedPYTHON_wrap.cxx:8341
#11 0x002f2350 in PyEval_EvalFrameEx ()
#12 0x002f4bb4 in PyEval_EvalCodeEx ()
[snip]

可疑问题

我相信问题是我的代码链接到新版本的 libstdc++：

/opt/local/lib/gcc45/libstdc++.6.dylib (compatibility version 7.0.0, current version 7.14.0)

而 Python 二进制文件有一个非常严重的错误 ：间接依赖系统libstdc++，它首先加载（gdb中info共享的输出）：

  1 dyld                  - 0x8fe00000        dyld Y Y /usr/lib/dyld at 0x8fe00000 (offset 0x0) with prefix "__dyld_"
  2 Python                - 0x1000            exec Y Y /opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Resources/Python.app/Contents/MacOS/Python (offset 0x0)
                                          (objfile is) /opt/local/bin/python
  3 Python                F 0x219000          dyld Y Y /opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Python at 0x219000 (offset 0x219000)
  4 libSystem.B.dylib     - 0x9723d000        dyld Y Y /usr/lib/libSystem.B.dylib at 0x9723d000 (offset -0x68dc3000)
                                 (commpage objfile is) /usr/lib/libSystem.B.dylib[LC_SEGMENT.__DATA.__commpage]
  5 CoreFoundation        F 0x970b3000        dyld Y Y /System/Library/Frameworks/CoreFoundation.framework/Versions/A/CoreFoundation at 0x970b3000 (offset -0x68f4d000)
  6 libgcc_s.1.dylib      - 0x923e6000        dyld Y Y /usr/lib/libgcc_s.1.dylib at 0x923e6000 (offset -0x6dc1a000)
  7 libmathCommon.A.dylib - 0x94af5000        dyld Y Y /usr/lib/system/libmathCommon.A.dylib at 0x94af5000 (offset -0x6b50b000)
  8 libicucore.A.dylib    - 0x97cf4000        dyld Y Y /usr/lib/libicucore.A.dylib at 0x97cf4000 (offset -0x6830c000)
  9 libobjc.A.dylib       - 0x926f0000        dyld Y Y /usr/lib/libobjc.A.dylib at 0x926f0000 (offset -0x6d910000)
                                 (commpage objfile is) /usr/lib/libobjc.A.dylib[LC_SEGMENT.__DATA.__commpage]
 10 libauto.dylib         - 0x95eac000        dyld Y Y /usr/lib/libauto.dylib at 0x95eac000 (offset -0x6a154000)
 11 libstdc++.6.0.4.dylib - 0x97e3d000        dyld Y Y /usr/lib/libstdc++.6.0.4.dylib at 0x97e3d000 (offset -0x681c3000)
 12 _mesh_oned.so         - 0x1000000         dyld Y Y /Users/sethrj/_code/_build/pytrt-gcc45DEBUG/meshlib/swig/_mesh_oned.so at 0x1000000 (offset 0x1000000)
 13 libhdf5.7.dylib       - 0x122c000         dyld Y Y /opt/local/lib/libhdf5.7.dylib at 0x122c000 (offset 0x122c000)
 14 libz.1.2.5.dylib      - 0x133000          dyld Y Y /opt/local/lib/libz.1.2.5.dylib at 0x133000 (offset 0x133000)
 15 libstdc++.6.dylib     - 0x600000          dyld Y Y /opt/local/lib/gcc45/libstdc++.6.dylib at 0x600000 (offset 0x600000)
[snip]

注意内存地址发生malloc错误对于系统libstdc++，不是共享库所链接的库。

尝试的解决方案

我尝试强制 MacPorts 使用 GCC 4.5 而不是 Apple 编译器构建 Python，但安装阶段失败，因为它需要创建 Mac“框架”，而普通 GCC 显然不这样做。

即使使用 -static-libstdc++ 编译器标志，__ostream_insert 也会从系统加载的共享库调用 std::basic_streambuf。

我尝试通过添加 /opt/local/lib/gcc45/ 来修改 DYLD_LIBRARY_PATH 但无济于事。

我该怎么做才能让它发挥作用？我已经无计可施了。

更多信息

此问题似乎是 Mac 操作系统的常见问题x。请注意，在所有调试输出中，地址如何在对 std::__ostream_insert 和 std::basic_streambuf::xsputn 的调用之间跳转：它离开了新的 GCC 4.5代码并跳转到 /usr/bin 中较旧的共享库代码。现在，要找到解决方法...

Answer 1

解决了。我发现在 Mac 上混合 GCC 版本时这个问题并不少见。阅读此 mpich 解决方案并检查mpich源代码，我发现解决方案是在mac系统上的gcc中添加以下标志：

-flat_namespace

我太高兴了。我希望这没有花费我一周的时间来弄清楚。 :)

Answer 2

在 GDB 中运行 Python，在 malloc_error_break 上设置断点。这将向您显示正在释放但未分配的内容。我怀疑这是 libstdc++ 版本之间的 ABI 之间的错误。